Чтобы пройти к церкви Николая Чудотворца на Берсеневке необходимо пройти через двор бывших палат Аверкия Кириллова Палаты думного дьяка, убитого стрельцами. Охранники у ворот никаких препон не чинили и подтвердили моё предположение, что к храму можно пройти через двор бывших палат. Собственно с давних пор этот двор являлся общим для обоих строений и принадлежал семейству Кирилловых. При них вместо деревянной церкви появился каменный храм. Соединялся храм крытым переходом с палатами, чтобы семейство думного дьяка могло без помех и, невзирая на погоду, спокойно перемещаться в церковь.

В 1694 году вдова сына Аверкия Кириллова Якова Аверкиевича Ирина Симеоновна передала храму двухэтажные палаты на набережной, над ними была построена колокольня, которая была разобрана "за ветхостью" в период между 1815 и 1820 годами. Да и сами палаты простояли лишь до 1871 года, когда на их основе был построен дом причта, ныне отделяющий прихрамовую территорию от Берсеневской набережной.

В 1775 году к храму была пристроена трапезная, сгоревшая вместе храмом в пожаре 1812 года, вместо неё в 1823 году появилась новая в стиле классицизм, напоминающая античный храм. В 1854 году была сооружена новая колокольня и храм стал выглядеть вот так.

Во время событий февральской революции 1917 года в Москве события для новой власти сначала складывались не гладко. Командующий войсками Московского военного округа генерал от артиллерии Иосиф Иванович Мрозовский, бывший одновременно московским генерал-губернатором, 28 февраля 1917 года объявил в Москве осадное положение как противодействие беспорядкам и демонстрациям. 4 марта 1917 года на Большом Каменном мосту по трём сотням демонстрантов из Третьей Военной автомобильной школы был открыт огонь солдатами 251-го запасного полка. Погибли три самокатчика, так тогда называли мотоциклистов, Ананий Урсо, Иван Самсонов, Василий Медков. Погибших отпевали в церкви Николая Чудотворца на Берсеневке.

В 1925 году храм был закрыт, хотели храм снести, но в результате в 1932 году была снесена только колокольня. Сейчас под колокольню приспособлено деревянное строение во дворе. Ныне храм является действующим.

Когда-то в притворе храма были похоронены Аверкий Кириллов и его жена, а сейчас во дворе стоит памятный крест в память о расстрелянных, чьи останки были найдены во дворе храма при раскопках.