Храм был построен в самом конце XVI века и с тех пор несколько раз перестраивался, пока не обрел свои окончательные архитектурные формы. С древних времен повелось на Руси в память о каком-либо важном событии воздвигать храмы в честь Господского или Богородичного праздника или во имя святого, память которого приходилась на этот день. В день 1 сентября 1598 года в Московском царстве произошло событие, которое было очень важным и значимым для современников его, а в истории Государства Российского обозначила крутой перелом, смену эпох: на Московское царство венчался первый избранный царь всея Руси – Борис Феодорович Годунов.

В числе «коронационных» мероприятий было, по преданию, повеление воздвигнуть храм во имя преподобного Симеона Столпника, память которого празднуется 1 сентября. Скорее всего, 1 сентября 1598 года было только дано повеление устроить храм, а строительство его, по данным историка московских древностей И. Снегирева, было завершено в 1600 году.

Храм преподобного Симеона последовательно пережил все этапы богоборческого разорения. Все ценности из ризницы и богатые оклады с икон изъяты. Судьба святынь храма не известна. В самые первые годы после октябрьского переворота община храма еще продолжала существовать. Но в 1929 году храм был закрыт окончательно, а церковные здания переданы коммунальному отделу Моссовета. Итоги «хозяйствования» в святых стенах печальны: церковь полностью утратила свое великолепное внутреннее убранство и колокольню. Окна ротонды главного храма были растесаны, утрачен и его богатый внутренний декор.

Здание простояло без капитального ремонта многие десятилетия. Богослужения в храме преподобного Симеона Столпника в Заяузье возобновились на праздник Рождества Христова в 1995 году. Молитвами и трудами людей, которые безвозмездно отдают все свои силы, знания и опыт, храм медленно, но неуклонно обретает былое благолепие. Помощью Божией Пресвятой Богородицы, а также молитвами своих Небесных покровителей – преподобного Симеона Столпника, святителя Николая Чудотворца и святителя Димитрия Ростовского храм возрождается к полнокровной богослужебной и приходской жизни.