Одноэтажное здание XVIII века за высокой кирпичной стеной в северной части Спасо-Евфимиева монастыря на протяжении двух столетий использовалось как тюрьма, где содержались противники режима – как царского, так и советского.

Учреждённое в 1766 году императрицей Екатериной II арестантское отделение в одном из корпусов Спасо-Евфимиева монастыря просуществовало официально до 1 января 1906 года. 403 человека были узниками суздальской тюрьмы в дореволюционную эпоху. Здесь находились люди различных сословий и званий, светские и духовные. Здесь прошли последние годы жизни декабриста Ф. Шаховского и монаха-прорицателя Авеля, предсказавшего судьбу рода Романовых. С 1829 года в монастырскую тюрьму стали заключать лиц только духовного звания, а также раскольников и сектантов – представителей скопчества, молокан, прыгунов, хлыстов. В 50-х годах XIX века четыре старообрядческих архиерея находились в этом узилище.

Один из последних настоятелей монастыря архимандрит Серафим (Л.М. Чичагов) добился закрытия арестантского отделения. Мог ли он предположить, что спустя двадцать лет ворота тюрьмы вновь распахнуться для узников, а через тридцать с небольшим лет он сам станет арестантом и будет расстрелян на Бутовском полигоне под Москвой в 1937 году.

В 1923 году в бывшей монастырской тюрьме был организован один из политических изоляторов для «перевоспитания» идейных противников Советской власти. Социалисты, анархисты, партийные руководители и беспартийные, профессора и крестьяне оказались здесь на тюремных нарах. В «Суздальской Бастилии» были в заточении такие известные в стране люди, как бывший директор Государственной публичной библиотеки В.И. Невский, один из идейных противников методов руководства правящей партии М.Н. Рютин, экономист с мировым именем Н.Д. Кондратьев, один из организаторов знаменитой советской денежной реформы 1922-1924 годов Л.Н. Юровский.

С 1940 по 1946 год на территории Спасо-Евфимиева монастыря находились военные: вначале интернированные офицеры чешского легиона бывшей польской армии, затем солдаты и офицеры Красной армии, которые проходили проверку после пребывания в плену и в окружении противника. В фильтрационном лагере, закрытом 1 января 1943 г., прошли проверку 8232 человека.

В начале 1943 года сюда стали поступать немецкие военнопленные из разгромленной под Сталинградом армии фельдмаршала Ф. Паулюса. Летом 1943 года более двух месяцев в одном из корпусов содержался сам Фридрих Паулюс.

После закрытия офицерского лагеря для военнопленных, с 1946 по 1967 год на территории монастыря размещались трудовые и воспитательные колонии для несовершеннолетних.
Эта часть музейной экспозиции возникла благодаря снятию грифа секретности с большинства документов государственных и ведомственных архивов и возможности изучения трагического периода нашей истории, судеб узников Суздальской тюрьмы.