Биби Ханум в переводе означает "старшая принцесса", согласно легенде мечеть получила своё название в честь жены Тамерлана, который приказал построить самую большую соборную мечеть в честь победы над Индией. Строительство длилось пять лет (1399-1404 года), над чем трудились сотни зодчих и строителей. Размах строения был настолько огромным для того времени, что через несколько лет после окончания строительства здание мечети стало разрушаться. Мечеть отреставрирована (пока не полностью) в конце XX века.