Первые попытки создать монастырь в этих местах были предприняты в 1874 году. Казаки местных станиц, очень набожные люди, выделили под устройство монастыря 270 десятин общей земли на горном плато у горы Физиабго и обратились с ходатайством к властям.
Приблизительно в это время, в Греции, на святом Афоне, два монаха: инок Виталий и иеромонах Мартирий, сошлись на желании обосновать монастырь на Кавказе и уже в 1877 году, по святому благословению афонских старцев, они отправились в сторону Адыгеи. Местные казаки, жившие в станицах, ранее пытались обустроить обитель в горных отрогах, но ничего не получалось. После приезда иноков, получив благословение правящего архиерея, они совместно начали хлопотать о возведении православной обители.
.

Возглавил строительство иеромонах Мартирий, до этого — монах Успенской келии Кутлумушского монастыря на горе Афон. Строительство пустыни велось на добровольной основе, на щедрые пожертвования благодетелей и верующих прихожан.

Великий князь Михаил Николаевич Романов являлся ктитором монастыря. Архангел Михаил – покровитель князя, поэтому в честь него и был воздвигнут первый храм в сентябре 1877 года.
В новую обитель приезжают ещё несколько монахов с Афона, поэтому обитель получила ещё название «Афонская», так как первые иноки были именно оттуда.

В обители было построено пять храмов: во имя Архистратига Михаила, во имя преподобного Александра, Успенский, Преображенский и Троицкий; были открыты церковно-приходская школа, странноприимный дом для неимущих.
.
В 1883 году иеромонах Мартирий по решению Святейшего Синода возведён в сан архимандрита, настоятеля обители. В то время в ней было 180 насельников (в том числе 12 иеромонахов, 3 иеродиакона и 165 послушников).
.
На горе Физиабго крутые склоны, и подвезти крупные камни для основания церкви на конных подводах было очень сложно, поэтому желающие помочь приносили доски и бревна вручную. Такими трудами была воздвигнута Преображенская церковь, которая вмещала около 500 молящихся.

В монастыре имелись мастерские разных направлений – иконописная, сапожная и портняжная, токарная, слесарная. Работала на территории и кузница. Для своих нужд выстроили небольшой кирпичный заводик и изразцовый цех.
..
Жизнь монастыря процветала. Появилась своя пасека, сыроварный цех, организовали небольшой монастырский пруд для разведения рыбы. Монахи не имели ни в чем нужду. Они обеспечивали пропитанием не только себя, но и приезжающих паломников и странников.

В монастырь была передана редкая святыня — частица Животворящего Креста Господня и две иконы со святого Афона, которые быстро стали считаться чудотворными у молящихся.
К 1917 году Михайловский монастырь принимал по 150 тысяч паломников в год, а в дни Великого Поста в обитель стекалось до пяти тысяч человек. Это был самый крупный и влиятельный монастырь на Кавказе.
.

Местные жители называли обитель "Казачьей Лаврой" и очень гордились ею. Такого благополучия обитель достигла трудами братии под руководством архимандрита Мартирия. Его духовный путь — яркий пример бескорыстного служения Православной Церкви.
Жизнь архимандрита Мартирия окончилась трагически. Зимой 1917 года, когда он возвращался домой, его повозка была окружена стаей волков. Лошади в испуге свернули с дороги, оборвали упряжь и бежали, а повозка разбилась о дерево... На территории монастыря есть могила, в которой покоятся останки его основателя.
.

Недалеко от обители на плато горы Физиабго были обнаружены древние пещеры. По одной из версий пещеры возникли в VIII-X веках и связаны с периодом Византийской иконоборческой ереси. В то время сторонников иконопочитания выселяли за пределы империи и они переселялись в Крым, на Таманский полуостров и Северный Кавказ.

Под монастырским плато в середине века был основан византийский мужской монастырь. Эти пещеры и подземные галереи находятся на глубине 50 метров от поверхности плато. Раньше их протяженность только под плато составляла около трёх километров, а далее тянулась сеть ходов в двенадцати направлениях. По ним можно было не выходя на поверхность дойти до ныне занимаемых станиц: Абадзехской, Севастопольской и Новослободской.
.
До наших дней сохранилась лишь часть келий и коридоров общей протяженностью около 300 метров.

В советский богоборческий период Свято-Михайловский монастырь пытались стереть с лица земли. Конфисковали всё: землю, помещения, ценности. В 1928 году совсем закрыли, а в 1946 году взорвали Успенскую церковь — для новых построек потребовался камень, затем взорвали и Преображенский храм.

.
В 1992 году начались первые попытки возвращения монастыря верующим.
И только весной 2003 года удалось вернуть Свято-Михайло-Афонскую Закубанскую пустынь полностью. Сейчас здесь проходят богослужения и ведутся восстановительные работы.
.

Здешняя святыня – источник святого Пантелеймона на Физиабго, который славится многими исцелениями от различных недугов. Здесь можно попить водицы и набрать в ёмкость с собой.
Для желающих окунуться в целебную воду обустроена купель. До святого источника около двух километров пешком.
.