Под сводами собора 
Санта Мария дель Фьоре произошла одна из самых кровавых историй Флоренции – заговор Пацци. Династия Медичи находилась у власти во Флоренции почти непрерывно с 1434 по 1743 годы. Под их правлением город переживал эпоху мира и процветания. Богатые банкиры и коммерсанты вкладывали средства в строительство прекрасных палаццо, поднимавшихся на месте старых городских кварталов, и щедро платили за украшение церквей. Сами Медичи, будучи богатейшими людьми Флоренции, способствовали созданию величайших творений Ренессанса. Последовал колоссальный взрыв творческой активности в области искусства и архитектуры.
В 1427 году семейству Медичи удалось добиться в Синьории принятия закона о прогрессивном налоге с имущества. Это обеспечило Медичи большую популярность среди бедных и средних слоев населения, но вызвало недовольство других богатых семей Флоренции – Альбицци, Строцци, Пацци. Кроме того, эти олигархи-патриции испытывали неизбежную в таких случаях зависть к власти и богатству Медичи.
Наиболее серьезное выступление против Медичи произошло в 1478 году — заговор Пацци. Это заговор среди флорентийских патрициев и их сторонников, направленный на свержение правящей в Тоскане династии Медичи путем убийства главы династии Лоренцо де Медичи (Лоренцо Великолепного) и его брата Джулиано де Медичи. На их место должны были стать Франческо де Пацци и Джироламо Риарио, племянник папы Сикста IV. Вдохновителем заговора был сам папа Сикст IV, недовольный тем, что Медичи отказали ему в кредите, когда он хотел приобрести болонский городок Имолу. На стороне папы был Франческо Сальвиати, которого Медичи не признавали в качестве архиепископа Пизанского.
Заговор был организован Якопо Пацци – «крестным отцом» семейства Пацци и Франческо Пацци – главой римского банка семейства Пацци. В нем приняли участие озлобленный священник Маффеи, монах Баньоне, учивший латинскому языку дочь Якопо Пацци, кондотьер (командующий наемного войска) Монтесекко и отчаянный авантюрист-ученый Барончелли. Заговорщики апеллировали к прежним свободам флорентийской республики и рассматривали Лоренцо Великолепного и его брата Джулиано как тиранов.
В галерее Уффици висит картина Боттичелли «Поклонение волхвов», на переднем плане которой помещено изображение этих представителей семейства Медичи. Молодой человек с мечом в руке, держащийся с некоторой надменностью, крайний слева — Лоренцо Медичи; с правой стороны композиции в черном одеянии с красной отделкой — меланхоличный Джулиано Медичи.
Непризнанный архиепископ Пизанский Сальвиати пригласил во Флоренцию молодого кардинала Риарио, который 2 мая 1478 года согласился служить литургию в Санта-Мария-дель-Фьоре, и на которой должны были присутствовать Лоренцо и Джулиано Медичи. Заговорщики решили убить их в церкви — во флорентийском Дуомо.
В условленное время, когда кардинал поднял Святые Дары и народ преклонил перед ними колени, убийцы, стоявшие подле Лоренцо и Джулиано, с кинжалами напали на братьев. Джулиано Медичи был повержен 19 ударами кинжала Франческо Пацци, нанесенными «с такой яростью, что в ослеплении сам себе довольно сильно поранил ногу», — писал Макиавелли. Лоренцо же оказался убийцам не по зубам: лишь слегка поранив ему горло, заговорщики, встретив жестокое сопротивление, вскоре обратились в бегство. Авантюрист-ученый Барончелли, не довольствуясь слабостью и медлительностью своих сообщников, сам бросился на Лоренцо, чтобы завершить кровавое дело, однако последний уже успел укрыться в ризнице, и попытка оказалась тщетной.
В это время в другом конце города непризнанный архиепископ Пизанский Сальвиати попытался захватить Синьорию, однако потерпел неудачу, поскольку оказался отделенным от своих сообщников. Собралась оповещенная о мятеже толпа и совершила акт возмездия: Франческо Пацци, архиепископа Сальвиати и Якопо Пацци повесили на окнах Палаццо Веккьо.
Священник Маффеи и монах Баньоне были кастрированы и также повешены. Кондотьер Монтесекко был подвергнут пыткам и казнен как воин во дворце Барджелло. Барончелли бежал и после долгих скитаний прибыл в Константинополь. Однако султан выдал его, он был привезён в цепях во Флоренцию и повешен на окнах того же Палаццо Веккьо.
Всех оставшихся в живых членов семейства Пацци заключили в темницу, имущество дома было конфисковано. Тело Якопо Пацци после похорон было извлечено толпой из могилы и протащено по улицам города, после чего установлено у дверей Палаццо Питти, где его обезображенной головой пользовались как дверным молотком. Разложившийся труп затем выбросили в Арно, откуда его выловили дети; его снова повесили и снова выбросили в реку.
«Не было гражданина, который, безоружный или вооружённый, не являлся бы теперь в дом Лоренцо Великолепного, чтобы предложить в поддержку ему себя самого и всё своё достояние», — такую любовь и сочувствие снискало себе семейство Медичи. Таким образом, заговор Пацци не только не смог низвергнуть владычество Медичи, но только укрепил его.
