Основателем города Замостя стал государственный канцлер и великий гетман Ян Замойский, правая рука короля Стефана Батория. Город начал строится в чистом поле в 1578 году согласно проекту венецианского архитектора Бернардо Морандо, придавшего городу стиль итальянской эпохи Возрождения. За это город получил прозвище «Северная Падуя» и стал сильно укрепленным городом Руського воеводства. В 1594 году Ян Замойский открыл в городе Академию по образцу итальянских университетов, однако в 1784 (после раздела Польши) академия была обращена австрийским правительством в лицей.
Город известен своей крепостью. В 1648 крепость Замостье выдержал осаду украинских казаков Богдана Хмельницького, которые безуспешно осаждали Замостье. В 1656 крепость эта снова выдержала осаду со стороны войск шведского короля Карла X. В 1705 г. гетман Мазепа с 35 тыс. казаков и русских подступил к Замостью, но только после 5-недельных переговоров был впущен в город.
В 1813 г. крепость в продолжение почти года выдерживала осаду русских войск генерала Рота, после чего гарнизон (около 4 тыс. поляков) согласился на капитуляцию.
В Российской империи Замостье с 1818 принадлежало к важнейшим крепостям Царства Польского, затем стало уездным городом Люблинской губернии. Подземелья крепости использовались для содержания политических заключенных.
Во время Второй мировой войны и немецкой оккупации в городе проводились многочисленные выселения и уничтожение еврейского населения с целью последующей «германизации» Замостья; предполагалось его дальнейшее переименование в Гиммлерштадт.
С 1992 года ренессансный центр города относится ко Всемирному наследию ЮНЕСКО. В городе проживает сегодня около 65 тыс. жителей.