В соответствии с политическим курсом прибалтийских государств после обретения независимости, в каждой столице должен быть музей, демонстрирующий ужасы оккупационных режимов, и в первую очередь, пребывания республик в составе СССР.
.
Расположенный в бывшем здании Комитета Государственной Безопасности, музей описывает жизнь Литвы в период 1940 — 1990 гг, которые в официальной политике трактуются как оккупации — сначала советская, затем немецкая, и после вновь советская.

Если не углубляться в исторические детали, сама тема безусловно очень трагическая, стоит лишь отметить, что основной идеологический упор сделан на деятельность НКВД / КГБ на территории Литвы и движение сопротивления.

Музей памяти жертв геноцида открылся в Вильнюсе в 1992 году.

Самому зданию больше 100 лет: оно было построено в конце XIX века для суда Виленской губернии. По нему можно проследить трагическую историю всей страны: после начала Первой мировой войны здесь размещались судебные органы немецких властей, потом революционные трибуналы большевиков, с 20-х годов до начала Второй мировой войны — суды польских властей. Поляков сменили сотрудники НКВД, им на смену пришли гестаповцы. КГБ занимал здание с 1944 по 1991 год, поэтому музей памяти жертв геноцида часто называют музеем КГБ.

Экспозиция размещена на трех этажах. На первом этаже рассказывается о событиях, происходивших с 1940 по 1953 год. На втором — о событиях более позднего времени, а также о репрессиях и ссылках. Самой интересной и в то же время самой страшной частью музея является экспозиция, расположенная в подвальном этаже — там, где находилась тюрьма, использовавшаяся сотрудниками гестапо и КГБ.