В 1989 году территория Свято-Николаевского монастыря на которой размещалась колония для несовершеннолетних преступников была возвращена Православной церкви. Перед служителями церкви стояла нелегкая задача восстановления монастыря.
Молодой настоятель монастыря, игумен Тихон, приложил все усилия не только по восстановлению, но и по восстановлению истории . Первая выставка была организована Верхотурским краеведческим музеем в подвале Дома для высоких гостей и была посвящена 1000-летию Крещения Руси. Выставка стала важным событием в жизни города. На ней были представлены редкие фотографии, рассказывающие о дореволюционной истории Верхотурья и жизни Свято-Николаевского монастыря, а также сохранившиеся старинные иконы и церковная утварь. Вскоре вслед за ней была организована, дополненная вещественными экспонатами, фотовыставка «Гибель царской семьи», возвращающая людям правду о семье последнего российского императора. В это же время в стенах музея прошла выставка, посвященная небесному покровителю Урала и Сибири — Святому Праведному Симеону Верхотурскому.
В 1996 году музей открыл свои двери для первых посетителей. В настоящее время, его постоянная экспозиция размещается в четырех небольших залах.
Экспозиция первого зала, очень ёмко и лаконично вмещает в себя ключевые вехи четырехсотлетней истории монастыря. В ней представлены портреты, воссоздающие облик его первых настоятелей, среди которых – основатель обители – преподобный Иона. Здесь же можно увидеть напрестольное Евангелие, отпечатанное при царе Михаиле Федоровиче и патриархе Филарете, и ряд других экспонатов, относящихся к первым годами существования монастыря.

Зал знакомит посетителей с иконами, церковной утварью и облачениями, а таже рядом других предметов, многие из которых, в буквальном смысле чудом сохранились в годы гонений на Православную церковь. Среди них – часть решетки, стоявшей возле разрушенного Симеоновского храма села Меркушино, фрагмент деревянного монастырского водопровода, построенного иждивением архимандрита Гавриила и ряд других уникальных экспонатов.
Среди редких книг, размещенных в одной из витрин зала, представлены дореволюционные издания жития Святого Праведного Симеона Верхотурского, а также оригинал изданной в 1910 году Летописи Верхотурского мужского общежительного монастыря, написанной В.С. Барановым.
Экспозиция второго зала музея полностью посвящена истории Крестовоздвиженского собора. О судьбе этого величественного храма, во многом, ставшей символичной для истории России ХХ века, лаконично повествует фотохроника. На ней запечатлены моменты его закладки и освящения, в день которого состоялся крестный ход из Екатеринбурга в Верхотурье и… полуразрушенный интерьер собора, оскверненный мусором и надписями, оставленными на его стенах заключенными детской колонии, которая размещалась в его стенах в годы советской власти. Представленные здесь фотографии рассказывают и о нелегких трудах братии монастыря и многих других, неравнодушных людей, по возрождению собора. В зале размещены сохранившиеся фрагменты плит, колон и осколков фаянсового иконостаса Крестовоздвиженского собора.
Третий зал музея посвящен истории Екатеринбургской епархии с 1885 по 2000 годы. В нем представлена галерея владык Епархии, многие портреты и фотографии которых дополнены письменными рассказами об их деяниях и судьбах.
Экспозиция четвертого зала рассказывает о сегодняшнем дне Свято-Николаевского монастыря. В нем также представлен раздел, посвященный верхотурскому Покровскому женскому монастырю.
В экспозиции музея много фотографий, которые сподвигли нас еще на одну заметку о храмах Верхотурья, как они выглядели тогда и сейчас.