В новгородских летописях XVI века сообщается, что на территории исторического Плотницкого конца, недалеко от церкви Фёдора Стратилата на Ручью, которую построили в 1361 году, стояла деревянная церковь великомученика Никиты, которую построили на Никитиной улице в 1368 году.

Опустошительный пожар и гибель в нём церкви Никиты вынудил прихожан в 1406 году поставить на этом месте "церковь камену", которая простояла 108 лет. По указу царя Ивана Грозного, возле Государева Путевого двора в Великом Новгороде, возвели в 1557 году новый храм для царских "молитв ко Господу". При набожности Ивана Грозного трудно допустить, чтобы при новгородском Государеве дворе не было домового храма или молельни. Ивану Грозному нравилось это место, где он недолго жил с сыновьями Иваном и Фёдором в начале 1570-х годов.

Церковь, по традиции, освятили во имя Никиты Мученика.

Будучи построена по царскому заказу, церковь Никиты Мученика, как в общей композиции, так и
в декоративных частностях отмечена новым для Новгорода влиянием московского зодчества.

В противоположность классическому стилю новгородских храмовых построек XV века, наличие подклета под зданием церкви подчёркнуто не только карнизом, но и двумя ярусами декоративных арок на апсидах. На восточном фасаде здания хорошо сохранился декор с плоскими пилястрами, стянутыми небольшими килевидными арками.

К северо-западному углу основного здания храма примыкает небольшой однокупольный объём —
это придел Николая Чудотворца. На юго-восточном углу, в один ряд с апсидами расположена массивная колокольня. В её нижнем этаже размещалась церковь-придел «Феодосий иже под колоколы».

К сожалению, с тех пор, церковь Никиты сохранилась не полностью. В прошлом, видимо, это был трёхнефный шестистолпный, предположительно пятиглавый храм. Ни древние своды, позже заменённые деревянными перекрытиями, ни малые купола не сохранились.

В начале XVIII века церковь Никиты Мученика пришла в большую ветхость и была восстановлена на средства прихожан в начале XIX века, вновь освящена в 1813 году.

В 2002-2004 годах были проведены археологические раскопки близ церкви Никиты Мученика. Раскоп площадью около 650 квадратных метров и со средневековым культурным слоем 2,5 метра получил название «Никитинский раскоп». Было изучено более 100 строений, сделано 6300 индивидуальных находок, в том числе 11 берестяных грамот и 23 печати. Самое главное, что на примыкающих территориях на значительной глубине были обнаружены остатки весьма крупных деревянных сооружений, видимо это всё, что осталось от Государева двора Ивана Грозного.

В 2010 году церковь Никиты была включена в Федеральную программу «Культура России» для
восстановления, которое затянулось на долгие годы. Храм, облюбованный бомжами, загорался
несколько раз и пришёл в полное запустение, хотя удивительно, что стоит он фасадом на очень многолюдной центральной улице — Большая Московская.

В 2015 храму Никиты Мученика дали ещё одну новую жизнь. Отремонтировали, восстановили купола и кресты, фасад полностью отреставрирован и покрашен, внутренние работы занимают больше времени, поэтому к 2018 году службы в храме ещё нет.