Юрьев монастырь основан на левом берегу Волхова в 1030 году князем Ярославом Мудрым после похода на чудь. Там на чудских землях был основан одноименный монастырь в городе, названном Юрьевом (нынешний Тарту). Монастырь князь, названый в святом крещении Георгием (Юрием), посвятил своему небесному покровителю. Юрьев монастырь второй по времени создания после Киево-Печерской лавры монастырь в Древней Руси и старейший в нынешних границах России.
Монастырь процветал в эпоху 13 -15 вв., владея несметными богатствами и землями по всей Руси; его архимандрит считался вторым человеком в иерархии новгородских священнослужителей после самого архиепископа. После падения Новгородской республики в 16 веке часть земель отошла к Москве, в 17 веке последовало шведское разорение, а в 18 веке по екатериненской церковной реформе монастырь лишился части земель. В начале 19 в. монастырь значительно приумножил свои богатства за счет щедрых подарков графини Орловой. Обитель становится одним из крупнейших монастырей России. Произошло это в годы, когда настоятелем монастыря был получивший неоднозначную известность архимандрит Фотий (1792–1838).
В 1929 году монастырь был закрыт.

До 18 века обитель считалась одной из самых богатых на Севере и была называема лаврой. Монастырские владения доходили до Белого моря. К обители был преписан Перынский скит, расположенный в 1 км от монастыря.
Сегодня в обители 3 монаха, 3 послушника и 20 трудников.