Гандзасарский монастырь расположен на высоком берегу реки Хачен, в Нагорном Карабахе, в 50-ти км от Степанакерта. Впервые монастырь упоминается в X веке.
Согласно преданию, в усыпальнице монастырского храма, построенного на месте храма X века, захоронена отрубленная Иродом голова Иоанна Крестителя, из-за чего храм получил название Сурб Ованес Мкртыч (св. Иоанна Крестителя).
Строительство храма Иоанна Крестителя велось с 1216 по 1238 год, о чём сообщается на могильной плите князя Гасана Джалала, по приказу которого храм построен.
В результате преднамеренной бомбардировки азербайджанской дальнобойной артиллерии и авиации в ходе Карабахского конфликта был повреждён главный храм комплекса и разрушено монашеское здание. К настоящему времени монастырь восстановлен.