По древней легенде, монастырь был основан в 1038 году бывшим конюшим князя Владимира,
боярином Ефремом, под воздействием гнетущей печали от трагической гибели молодых
князей Бориса и Глеба от руки князя Святополка.
Ефрем ушёл от мира, стал отшельником и скоро вокруг его скита обосновалась братия,
в последствии построившая обитель, которая была названа в честь мучеников Бориса и Глеба.


Первым собором обители на Новом Торге стал каменный храм во имя святых князей, за вечный
покой которых молился преподобный Ефрем всю свою жизнь. После кончины его похоронили в
Борисоглебском соборе. В XVIII веке его мощи были помещены в серебряную позолоченную
раку под сенью в новом соборе, а в 1919 году рака была вскрыта и судьба мощей неизвестна.


Самой древней, уникальной церковью монастыря является Введенская церковь, которая не
перестраивалась и была построена в 1620 году на месте деревянной предшественницы.

В 1717 году между новыми каменными настоятельскими корпусами построили небольшую
Входо-Иерусалимскую церковь. Вспыхнувший в 1742 году страшный пожар нанёс монастырю
очень большой урон. В середине XVIII века по решению Священного Синода Борисоглебский
храм был разобран из-за риска обрушения.


На месте старого храма, по указу Екатерины Великой и на её щедрые пожертвования был
сооружён величественный собор в стиле классицизма и освящён в 1796 году к празднику
Святой Троицы.
Спроектировал новый вариант центрального храма монастыря — Борисоглебского собора
выдающийся русский архитектор Н.А. Львов.


Второй доминантой монастыря является надвратный храм Спаса Нерукотворного Образа,
переходящий в высокую трёхярусную колокольню и воздушную ротонду увенчанную крестом
на остром шпиле.

Строительство этого эффектного украшения всей обители началось в 1804 году, уже после смерти архитектора Львова, но считается, что именно он разработал проект, а строительство
вёл известный архитектор Яков Ананьин.

Эти великие здания монастыря находятся в стадии реставрации,
но за 100 пожертвованных рублей можно подняться на колокольню по дубовой старой, но ещё
крепкой лестнице совершенно безопасно, и взглянуть сверху на монастырь и Торжок.

Интересно и празднично смотрится Свечная башня с аркадой монастырской стены.


Процветание монастыря продолжалось до 1917 года, а затем он, как и большинство русских
монастырей, разделил судьбу своей страны. Полвека в нём размещалась тюрьма строгого
режима и лишь недавно, после длительного ремонта, несколько зданий занял Всероссийский
историко-этнографический музей.

В конце 90-х годов в бывших камерах заключённых поселяются первые монахи и делают своими силами ремонт. В 1997 году им было официально передано здание Введенской зимней
церкви и после восстановительных работ, через год, началась ежедневная служба в день
памяти Святого преподобного Ефрема Новоторжского.