До Второй мировой войны Черняховск (Инстербург) принадлежал Восточной Пруссии, поэтому подавляющее большинство населения города составляли лютеране.
В Инстербурге проживало менее сотни католиков, к которым по праздникам и по просьбе приезжал священник из Кёнигсберга.
В 1865 году в городе была построена и освящена католическая часовня.

Вскоре, потребностям растущей общины, маленькая часовня перестала соответствовать, тогда в 1902 году было выстроено здание нового храма в неоготическом стиле по проекту архитектора Фридриха Хайтмана (построившего Луизенкирхе в 1901 году, сейчас — это кукольный театр в Калининграде).

Интерьер создавался десять лет и в 1912 году храм был освящён в честь святого Бруно Кверфуртского, покровителя Пруссии.

Бенедиктинский монах Бруно проникся аскетизмом в монастыре возле Равенны и в 1002 году получил от Папы благословение на миссионерскую деятельность в Польше, чтобы основать между Эльбой и Одером монастырь и с его помощь обратить местное языческое население в христианство.

В 1004 году Бруно посвящён в архиепископы и, поскольку он был увлечен миссионерскими
идеями отправился проповедовать в Венгрии, но был вынужден покинуть эту территорию.
В 1008 году Бруно Кверфуртский посетил Русь, встретился с Владимиром Святославичем, при поддержке которого отправился крестить печенегов. Пробыв в их земле пять месяцев, он смог добиться успехов в миссионерской деятельности. Рукоположив для местного населения одного епископа из числа своих учеников, он покинул Русь, но после его отъезда печенеги вернулись к своим языческим богам.

Осенью 1008 года Бруно со спутниками отправился проповедовать христианство к пруссам, где ему удалось крестить местного князя Нетимера и ряд лиц его окружения.
Вскоре после этого, весной 1009 года Бруно был обезглавлен, а его спутники повешены по приказу князя Зебедена, брата Нетимера.
Мученик во имя католической веры — Бруно Кверфуртский был канонизирован в 1024 году.

После войны храм Св. Бруно Кверфуртского использовался в качестве военного склада вплоть до начала 90-х годов, затем здание передали Министерству культуры под органный зал.

В 1992 году римско-католическая община обратилась к городской администрации с прошением вернуть им церковь. Просьба была удовлетворена.
В храме был проведен ремонт и установлен орган.

Внутренний вид кирхи выдержан в строгом готическом стиле. Особого внимания заслуживают витражи (сохранились два фрагмента). Известны две картины из кирхи художника Иоханнеса Олеша — это «Путь на Голгофу» и «Приговор Иисуса к смерти Понтием Пилатом».

Торжественное освящение католического храма в честь Св. Бруно Кверфуртского состоялось в июле 2002 года, а через несколько лет при храме был открыт францисканский монастырь Св. Максимилиана Кольбе.