Нило-Столобенская пустынь открыта спустя сорок лет после того, как преставился Преподобный Нил. Как и многие православные подвижники, начал свой духовный путь в монастыре, именно — в Иоанно-Богословском Крылецком монастыре, но впоследствии выбрал для себя отшельничество. Устав от паломников, просивших советов и наставлений, перебрался на остров и жил в еще более уединенном месте, при этом дав обет нележания — считается, что и спал он, будучи подвешенным за плечи веревками или находясь на вбитых в стену крюках.
Прожил на острове порядка 27 лет и завещал построить на этом месте монашескую обитель, что и было сделано.