Торговый порт Ила на месте города Старый Гоа был основан во времена индуистской империи Виджаянагара в 1-й половине XV века, а в 1469 году эти земли вошли в состав султаната Бахманидов. После распада государства Бахманидов эта территория перешла в 1489 году под контроль султана Биджапура Юсуфа Адиль Шаха, сделавшего город второй столицей, построившего дворцы, мечети и окружившего его крепостной стеной.
К приходу португальцев порт процветал. С верфей несколько раз в год спускали на воду новые корабли, на рынках шла бойкая торговля с паломниками, ожидавшими отплытия в Мекку. Султан хотел даже перенести сюда столицу из Биджапура, но европейцы не дали его планам осуществиться.
В 1510 году португальский завоеватель герцог Альфонсу ди Альбукерки дважды (в феврале и ноябре) штурмом брал Старый Гоа у наместника биджапурского султана, однако лишь смена правителей Биджапура позволила португальцам закрепиться здесь и основать факторию. Усилиями пришельцев из Европы город стал стремительно менять свой облик: мечети разрушили, а на их месте построили католические церкви и монастыри. Так на деле подтвердили средневековую максиму «религия короля – религия подданных».

Период 2-я половина XVI века – 1-я четверть XVII века называют периодом Золотого Гоа, золотым периодом португальской торговли в Индии. Ежегодно у причалов швартовались не менее тысячи судов, привозивших все новых и новых европейских поселенцев и бравших на борт груз пряностей и других колониальных товаров. Численность населения города достигла 200 тыс. человек и даже многое повидавшие моряки сравнивали город, где Запад сошелся с Востоком, с самим Лиссабоном: «Quem viu Goa, excusa de ver Lisboa» (порт. – «Тому, кто видел Гоа, не обязательно смотреть Лиссабон»).
К концу XVII века архитектурный ансамбль этого Рима Востока украшали 38 монастырей, 31 церковь, 26 больших и более 40 малых часовен.

Историк и талантливый писатель в жанре «путешествия» Уильям Далримпл в книге «Век Кали» (1998 год) писал: «Поначалу Старый Гоа был мрачной крепостью, стоявшей в центре цепочки из 50 тяжеловооруженных бастионов вдоль западного побережья Индии. Но к 1600 году начался процесс превращения конкистадоров в денди, а Старый Гоа из города укрепленных бастионов превратился в процветающий мегаполис, столицу обширной Португальской Империи на Востоке. Среди мангровых зарослей выросли стены и башни дворцов вице-королей, элегантные особняки городской знати, изысканные барочные церкви и монастыри».
С легким богатством пришло смягчение нравов, денди не интересовались войной, взамен они сконцентрировали усилия на своих сералях. Старый Гоа стал известен больше местными шлюхами, чем пушками или кафедральными соборами. Согласно записям Гоанского Королевского госпиталя, в 1-ой четверти XVII века пять сотен португальцев в год умирало от сифилиса и «невоздержанных связей». Хотя церковные власти выпускали эдикты, проклинавшие сексуальную распущенность замужних женщин, «которые спаивали своих мужей, чтобы легче наслаждаться любовниками», это не остановило даже самих клириков от содержания целых гаремов темнокожих рабынь божьих.
Следствием этого явилась утрата португальцами в XVII веке монополии на торговлю с Индией, сначала их потеснили голландцы, которые в 1638 году заблокировали Гоа военными кораблями, а век спустя – англичане. Золотой Гоа стал постепенно приходить в упадок: люди беднели, денег на осушение окрестных болот не хватало, в перенаселенных кварталах стала свирепствовать малярия, потом холера. В конце концов, из-за эпидемий в 1760-х гг. началось массовое переселение в новую столицу Панаджи, расположенную ближе к морю. Чтобы построить новый город, стали разбирать старый, так приставка «Золотой» заменилась на «Старый». От былого господства колонизаторов-португальцев в Старом Гоа остались лишь руины соборов, церквей и монастырей.

Сегодня Старый Гоа представляет собой город-музей под открытым небом площадью около 5 кв. км. с населением 6000 человек. В 1986 году ЮНЕСКО включило сохранившиеся монастыри и церкви Старого Гоа в Список всемирного наследия. В этом Списке — Базилика Доброго Иисуса (Basilica of Bom Jesus), в которой покоятся нетленные мощи Святого Франциска Ксаверия.

Франциск Ксаверий считается Римско-католической церковью одним из самых успешных миссионеров за годы ее существования. Он выполнил огромную работу по распространению христианства в странах Азии и разработал основы миссионерских методов ордена иезуитов. Ксаверий обладал качествами великого проповедника (красноречием, умением убеждать и напористостью), был харизматической личностью и спас, обратив в христианство, множество людей.
Родился будущий миссионер в замке Ксавье (испанская область Наварра) 7 апреля 1506 года в аристократической баскской семье. В возрасте 19 лет Франциск Ксаверий отправился учиться в Парижский университет, где получил степень лиценциата в 1530 году. Он продолжил изучать теологию и познакомился с Игнатием Лойолой. 15 августа 1534 года в часовне Монмартра Игнатий Лойола совместно с Франциском Ксаверием, Петром Фабером, Яковом Лайнесом, Альфонсом Сальмероном, Николаем Альфонсом Бобадилья и Симоном Родригесом принесли клятву посвятить свои жизни Богу. Этот день считается основанием Общества Иисуса (ордена иезуитов).
В 1541 году папа Павел III отправил Франциска Ксаверия в португальскую Индию в качестве апостольского нунция. За 4 года пребывания на Гоа он основал множество церквей и монастырей и обратил в христианство тысячи местных жителей. В тоже время он был шокирован беззаботным образом жизни конкистадоров, изобличая их в посланиях к Священному Синоду: «Многие из них или оставили в Европе остатки своей религиозности и морали, или чрезвычайно испортились в новой обстановке и в легком климате, переняв все плохие привычки мусульманских соседей».
Франциск Ксаверий настойчиво слал письма в Рим и Лиссабон, в коих сетовал о необходимости введения инквизиции на Гоа, и его усердия не прошли даром. Инквизиция на полуострове была введена в 1560 году, а сам миссионер отправился проповедовать и распространять христианство на Цейлон, в Индонезию, Японию и Китай.

После смерти 2 декабря 1552 года на китайском острове Шанчуань тело Франциска Ксаверия подвергалось «нехристианским мучениям»: его хоронили, снова выкапывали и перевозили на новое место захоронения. И каждый раз верующие поражались прекрасной сохранности его останков. Они считали, что это божественное чудо, другие полагали, что тело было забальзамировано.
Совсем уж крайние взгляды изложены британским путешественником и дипломатом Ричардом Бертоном: «Капитан Гамильтон, купец старой закваски, сравнивает мощи святого с только что зарезанным поросенком. В другом месте он же называет их сносно сделанной восковой статуей, которая нужна, чтобы надувать простаков, и абсолютно не верит утверждениям иезуитов, что ампутированная рука, которую послали в Рим ко времени причисления Франциска к сонму святых, якобы взяла перо, окунула его в чернила и вывела «Ксавьер» на глазах у Священного Синода кардиналов».
Франциск Ксаверий канонизирован папой Григорием XV 12 марта 1622 года, одновременно с Игнатием Лойолой, а с 1637 года его мощи пребывают в саркофаге Базилики Доброго Иисуса.

Первый камень в фундамент Базилики заложил 24 ноября 1594 года архиепископ Гоа и примас Индии Алекшиа ди Менезиш. Построили церковь и освятили 15 мая 1605 года иезуиты, потом ее перестраивали после пожара в XVIII веке. В 1759 году, когда всю собственность ордена иезуитов конфисковали в пользу португальской короны, храм не закрыли. В 1946 году церковь первой в Индии получила статус малой базилики — в католицизме титул для особых церквей (1591 во всем мире), присваиваемый папой римским.

Трехэтажный главный фасад крестообразной в плане постройки Базилики украшен колоннами ионического, дорического и коринфского ордеров. Колонны и детали оформления интерьера выполнены из красного базальта, который доставили из каменоломен, отстоящих на 300 км от Старого Гоа.

На фасаде вверху размещена эмблема ордена иезуитов с буквами IHS — аббревиатурой имени Иисуса — Iesus Hominum Salvator (Иисус Человечества Спаситель).

План Базилики – классический для католических церквей, с ним контрастирует богатый, украшенный позолотой главный барочный алтарь, посвященный Иисусу-младенцу.

Центральное место в нише между спиралевидными (их еще называют соломоновыми) колоннами занимает изображение основателя ордена иезуитов Святого Игнатия Лойолы, защищающего Иисуса-дитя. Глаза Игнатия обращены вверх, к солнцу, где также начертаны буквы IHS. Над солнечным медальоном изображена Святая Троица.

В центре нефа установлен бронзовый с позолотой кенотаф (символическая могила) Жеронимо Маскаренью, капитана города Кочин, умершего в 1593 году, и завещавшего свое имущество на строительство церкви.

В трансепте справа и слева расположены капеллы Святого Архангела Михаила и Девы Марии Надежды.

В южном трансепте, украшенном витыми позолоченными колоннами и резным цветочным орнаментом, находятся капелла и гробница покровителя Гоя Святого Франциска Ксаверия.

Итальянскому скульптору Джованни Фоггини потребовалось 10 лет и несколько тонн мрамора и яшмы для того, чтобы создать погребальный памятник, достойный памяти одного из основателей ордена иезуитов. Работы оплатил герцог тосканский Козимо III Медичи, подаривший в 1698 году саркофаг церкви. В благодарность иезуиты передали ему на вечное хранение подушку, на которой покоилась нетленная голова святого.
Мощи Святого Франциска Ксаверия хранятся в стеклянном контейнере, помещенном в серебряную раку с изукрашенным куполом. Сама рака отделана искусно выполненными медными пластинами с изображением сцен из жизни святого. На них Ксаверий проповедует, крестит, обращает в христианство, скрывается от дикарей, переплывая реку. На одной из пластин святой изображен на смертном одре.

От гробницы длинный коридор ведет в сакристию (ризница в католических храмах). Тут хранятся реликвии, связанные с жизнью Гоэнчо Сахиба (так святого называют гоанские католики). Среди них его серебряный гроб, закрытый на три замка, ключи от которых хранятся у губернатора Гоа, архиепископа и администратора Базилики.

После канонизации останки Святого Франциска Ксаверия выставлялись на всеобщее обозрение каждый год в день его кончины. Но в начале XVIII века обнаружилось, что мощи немного пострадали. Однако демонстрация мощей продолжалась, чтобы пресечь слухи о том, что иезуиты вывезли мощи после своего изгнания маркизом Помбалем из Португалии и Гоа в 1750 году. С 1859 года мощи стали выставлять раз в 10 лет, с 1953 года паломникам запретили прикасаться к мощам: на них можно только смотреть через хрустальную крышку гроба. Теперь это событие произойдет 3 декабря 2014 года.
К Базилике Доброго Иисуса пристроен Исповедальный дом (1585 – 1598 гг.), в котором готовили иезуитов-миссионеров. Из этого двухэтажного здания с открытым внутренним двориком, построенного из латеритовых блоков, монахи отправлялись в миссионерские поездки по странам Азии. Пожар 1663 года нанес Исповедальному дому значительный ущерб, но к 1783 году его отстроили заново. Сейчас здесь размещаются квартиры священников, а на первом этаже – галерея, рассказывающая о миссионерской деятельности Общества Иисуса (ордена иезуитов).

Базилика Доброго Иисуса является государственным музеем, однако гоанские власти разрешают проводить здесь воскресные утренние мессы. Народу обычно собирается совсем немного. Не случайно английский писатель Грэм Грин, который в 1950 году пришел сюда на рождественское богослужение, иронично изрек, что у него возникло чувство, как будто он посещает «одну из последних церемоний христианства на Гоа».