В четырех километрах от Соловецкого монастыря на берегу озера Нижний Перт, находится Ботанический сад, один из самых северных в мире. Это один из красивейших уголков Соловецкого архипелага. На входе в сад построен красивый административный корпус.
Уединенное и живописное место, где раскинулся Ботанический сад, называется Макарьевской пустынью. Пустынь была образована в 1822 году при архимандрите Макарии. Благодаря сложившемуся рельефу и обступающему со всех сторон хвойному лесу в этом месте создался благоприятный климат для растений, привезенных из других широт и климатических зон. В первой половине XIX века здесь выращивались овощи и лекарственные растения, а к концу столетия были высажены кедры, яблони, ирга. В настоящее время в Ботническом саду представлено более 700 видов различных растений.
В середине 50-х годов XIX века в пустыне был построен воскобелильный завод, горячую воду, освободившуюся от растапливания воска, сливали по деревянным трубам и использовали для обогрева парников и оранжерей, в которых монахи выращивали виноград, арбузы, дыни и персики.
Сейчас здесь стоит сторожка и валунный ледник-погреб. Во времена Соловецкого лагеря в сторожке располагалась комендатура, выцветшая вывеска сохранилась до сих пор.
В те же тридцатые годы была высажена лиственничная аллея, которая стала новой доминантой сада, придав ему, парадность и возвышенно-торжественный настрой.
В 1862 году была построена «Дача архимандрита» – двухэтажный бревенчатый дом. Собран он был из привозной лиственницы, которую морили в течение пяти лет.
Возле дома высажена лапчатка кустарниковая или Курильский чай.
На краю участка устроена самая маленькая часовня на архипелаге во имя Святителя Николая.
В 1855 году на Александровской (бывшей – Крестовской) горе была возведена Александро-Невская часовня в память о событиях Крымской войны на Соловках.
Возле часовни сооружена смотровая площадка, откуда открываются красивые виды на остров и монастырь.
После закрытия Соловецкого лагеря особого назначения сад более 20 лет был в запустении. Только в 1959 году сад был передан соловецкой школе, дети под руководством учителей, как могли, поддерживали в нем порядок. С 1975 года начались работы по расчистке территории пустыни и восстановлению обрабатываемых ранее земель. В 1982 году территория получила статус ботанического сада и была включена в состав Всемирного совета ботанических садов. В последние десятилетия в Ботанический сад приезжают многие делегации и оставляют в подарок привезенные растения.
Рябина Мужо посажена делегацией РАО «ЕЭС России» в 2006 году.
Боярышник Русанова посажен делегаций ОАО «Архэнерго» в 2006 году.
Пихта Сибирская посажена Его Высочеством Принцем Уэльским Чарльзом в 2003 году.
Дуб черешчатый посажен Героем Российской Федерации генерал-лейтенантом В.А. Шамановым в 2009 году.
Сосна кедровая сибирская посажена летчиком-космонавтом России Т.А. Мусамбаевым в 2006 году.
Кедровый стланик посажен поэтом В. Вихроевым, автором песни «На Соловецких островах» в 2002 году.
Пихта бальзамическая посажена министром культуры России А.А. Авдеевым в 2008 году.
Лиственница сибирская посажена послом Ирландии в России Джастином Харманом в 2006 году.
Можжевельник колоновидный посажен делегацией компании «Мегафон» в 2011 году.
Ель обыкновенная посажена летчиком-космонавтом СССР, дважды Героем Советского Союза Г.М. Гречко.
Труд многих поколений соловецких насельников и тысяч приезжающих паломников преобразовали суровую землю в 150 километрах от Полярного круга в цветущий сад.