Царские чертоги (1686–1692 годы) с церковью Покрова Божией Матери (1870 год) входят в комплекс зданий Московской духовной академии, расположенный в северной части обители.

Стоят в северной части монастыря, напротив северной стены Успенского собора, Усыпальницы Годуновых и колокольни.

Большое пёстрое двухэтажное здание, богато декорированное полихромными изразцами и белым камнем – раскрашено так же, как и Трапезный храм, расположенный как раз напротив – с южной стороны лавры. Один из лучших дворцов в стиле московского барокко.

С западной стороны сохранились лепная отделка 1745–1748 годов, изображающая «баталии» Петра I, аллегорические сюжеты и эмблемы, две кафельные печи XVII века из расписных полихромных и синих изразцов.

Изначально чертоги построены как царский дворец в главном монастыре России.
С 1814 года внутри располагается Московская духовная академия.

Академический храм (церковь Покрова Божией Матери), пристроенный к чертогам с востока в 1870 году, расширили в 1892 году. Фрески внутри церкви сделаны учениками иконописной школе при академии в традициях древнерусской иконописи.

К царским чертогам с востока (справа, если стоять к ним лицом) примыкает жёлтый трёхэтажный Классный корпус Московской духовной академии (1839 год, третий этаж – 1884 год), внутри которого находятся учебные аудитории. К востоку от него зелёный двухэтажный Библиотечный корпус (1876 год, фонды насчитывают более 200 тысяч наименований книг) с куполом на крыше, между классным и библиотечным корпусами виден красный двухэтажный Больничный корпус (1835–1884 годы) с медицинским стационаром духовных школ внутри. Вход в эти здания посторонним закрыт.

Вдоль восточной стены лавры между библиотечным корпусом и Успенскими воротами тянутся два жёлтых двухэтажных здания под зелёными крышами – Инспекторский корпус (XVII век – 1816 год) и Успенский корпус келий (XVII век – 1816 год). Внутри обоих размещается монастырская гостиница, в Успенском также административные помещения. Между Успенскими воротами и надвратной церковью Рождества святого Иоанна Предтечи ютится небольшой белый Экономский корпус (XVII–XIX века). Внутри него располагаются административные помещения, в частности, паломнический центр.