Начавшееся в 1870-е гг. в Пещерном отделении скита служение отца Варнавы Меркулова († 1906) сделало его центром московского старчества. Назначенный народным духовником, он здесь принимал и утешал людей со всей России. В 1905 г. ему исповедался император Николай II, приняв благословение на мученическую кончину. Прославленный прозорливостью и чудотворениями при жизни и чудесами, совершавшимися на его могиле, «старец-утешитель» в 1995 г. был канонизирован Русской Православной Церковью как преподобный Варнава Гефсиманский и причислен к собору Радонежских святых.
Пятиглавый собор в честь новопрославленной Черниговско-Гефсиманской иконы, освященный в Пещерном отделении в 1893 г., дал ему наименование «Черниговского монастыря» и положил начало перестройке в единый архитектурный ансамбль храмов, зданий и ограды по проектам архитектора А. А. Латкова.