20 февраля 2011 года в Санкт-Петербурге, на улице Декабристов, дом 54 А, состоялось праздничное богослужение и освящение восстановленного после десятилетий забвения исторического здания Эстонской Евангелическо-Лютеранской Церкви (архитекторы Карл Циглер фон Шафгаузен и Гаральд Боссе). На торжественной церемонии присутствовали президент Эстонии Тоомас Хендрик Ильвес, глава МИД Урмас Паэт, министр культуры Лайне Янес, посол Эстонии в РФ Симму Тийк, члены правительства Петербурга, представители общественности двух стран.
Эстонский лютеранский приход существовал в Петербурге с 1787 года, когда эстонцы, проживавшие в городе и до этого посещавшие богослужения в немецких, шведских и финских приходах, получили разрешение проводить свои богослужения на эстонском языке.
В 1860 году была построена новая эстонская лютеранская церковь Святого Иоанна — Jaani kirik. Для строительства церкви был организован сбор пожертвований по всей Эстонии. Свой вклад внесла и Россия: по указу Александра II министерство финансов выделило 55 тысяч рублей на строительство здания. Храм был центром жизни эстонской лютеранской общины, центром движения эстонского национального самосознания.

В 1930 году проведение богослужений запретили, здание было перестроено, и более 70 лет в нем располагались различные учреждения. В 1997 году здание было возвращено петербургскому приходу церкви, а реставрационные работы начались в 1999 году. Восстановление церкви велось на средства, выделенные Правительством Эстонской республики и на добровольные пожертвования прихожан.

Сегодня Церковь Святого Иоанна является центром эстонской общины Петербурга, и творческой площадкой для самых различных культурных мероприятий. Традиции лютеранства приветствуют любые мероприятия, способствующие укреплению и развитию культурных связей, объединения людей и развития духовности и взаимопонимания. Оборудованное по последнему слову техники здание церкви может вместить 500 человек, из которых 310 могут разместиться в главном зале и 190 — на балконе. Скамейки в зале поставлены на колеса с тем, чтобы в случае необходимости для особых приемов или банкетов их можно передвинуть и разместить столы. Так как зал используется не только для богослужений, но и для проведения концертов, имеются просторные артистические гримерные комнаты. Сцена, оборудована колонками и экраном, имеется дигитальный орган и рояль Estonia. Зал церкви Святого Иоанна обладает превосходной акустикой, что отмечается русскими и эстонскими музыкантами. Алтарная часть находится в глубине сцены, и на время концертов просто отгораживается легким баннерным задником.
В здании кирхи есть и небольшая гостиница на 43 места, с 3-4 местными номерами.
С конца февраля в Кирхе Св. Иоанан проводятся различные концерты известных музыкантов и коллективов из России и Эстонии. Каждую неделю по субботам с апреля по июль в Концертном Зале проходят общедоступные концерты, цены на билеты в пределах 50 рублей.