Рязанский историко-архитектурный музей-заповедник является одним из старейших музеев России. Он был основан 15 июня 1884 г. В тот день на заседании Губернской ученой архивной комиссии было решено создать исторический музей. Первым его экспонатом стала икона св. мучеников Флора и Лавра XVIII в., подаренная собранию полковником А.А. Мариным. В 1890 г. музей, располагавшийся в здании присутственных мест, впервые был открыт для посетителей. Коллекции музея насчитывали 10.727 предметов.

В 1918 г. решением губернского отдела народного образования из национализированных музеев: историко-археологического музея Ученой архивной комиссии, городской художественной галереи им. И.П. Пожалостина, кустарного музея губернского земства, епархиального древлехранилища, а также музея Нежинского и Болховского полков, частных коллекций, поступлений из бывших дворянских имений, церквей и монастырей был образован губернский историко-художественный музей.

Для значительно пополнившегося музея в 1922 г. предоставляется новое просторное помещение – Дворец Олега в кремле, где сохранился уникальный ансамбль гражданских и церковных памятников архитектуры XV-XIX вв. В 1923 г. здесь начинает действовать экспозиция историко-художественного музея. В это время в музее работали такие специалисты как археограф С.Д. Яхонтов, археологи В.А. Городцов, А.А. Мансуров, искусствовед Г.К. Вагнер, этнографы Н.И. Лебедева и М.Д. Малинина.

В 1937 году происходит разделение музея на самостоятельные краеведческий и художественный музеи: художественный занимает здание консисторского корпуса, где находится до переезда на ул. Свободы в 1980 г., краеведческий расширяет экспозицию во Дворце Олега. В 1950 годы по проекту главного архитектора музея-заповедника И.В. Ильенко начинается научная реставрация архитектурных памятников кремля и их последующая музеефикация.

В 1968 году краеведческий музей и комплекс архитектурных памятников кремля приказом Министерства культуры стал историко-архитектурным музеем-заповедником. В его состав вошли также историко-археологический комплекс Городище Старая Рязань, историко-архитектурный ансамбль Солотчинского монастыря, церковь Спаса на Яру, 10 филиалов в районных центрах и селах области, которые в 1990 г. получили статус самостоятельных краеведческих музеев.

В 1993-1995 гг. Солотчинский монастырь, церковь Спаса на Яру и Гостиница Знати перешли в ведение Рязанской епархии, Успенский собор и Соборная колокольня, с 2002 г. Христорождественский собор оформлены в совместное пользование музея и епархии, в соборах возобновлены службы.

Указом Президента № 1219 от 6 декабря 1995 г. Рязанский музей-заповедник включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации и с 1998 г. перешел в федеральное подчинение.

В 2004 – 2009 гг. музей полностью обновил экспозиционный комплекс, открыв четыре новые экспозиции.

В 2007 г. по инициативе управляющего епархией РПЦ при поддержке Президента и Правительства РФ начался процесс демузеефикации Рязанского кремля. Архитектурные памятники передаются в пользование епархии и приходских советов, музейные экспозиции демонтируются.

В настоящее время в составе музея-заповедника комплекс археологических и историко-архитектурных памятников, представляющих исключительную историческую, архитектурную и художественную ценность. В их числе 13 памятников Рязанского кремля (из 20 в Кремле), территория Кремля – археологическое городище Переяславль Рязанский (площадью 26,5 га), историко-археологический комплекс Городище Старая Рязань (Спасский р-н Рязанской обл.), с 2010 г. – достопамятное место «Поле Вожской битвы» (Рыбновский р-н Рязанской обл.). Коллекции музея-заповедника на 01.01.2011 г. составили 241709 единиц хранения.