Евреи жили в Ротенбурге по крайней мере с 1180 года.
В 1241 году евреи были убиты или изгнаны из Франкфурта, и в том же году в Ротенбурге была создана еврейская община.
В 1246 году, когда знаменитый талмудист раввин Меир бен Барух приехал в Ротенбург, город стал одним из центров еврейской учености. В 1298 году, после более чем пятидесяти лет мирного сосуществования в Ротенбурге, около половины из 500 городских евреев были убиты в ходе ряда восстаний, которые возглавил обедневший дворянин из Рёттингена (Röttingen) по имени Rindfleish.
Rindfleish начал распространять слухи о еврейских ритуальных убийствах и осквернении христианских святынь, потому что был не в состоянии заплатить по кредиту еврейского ростовщика. Между 1296 и 1298 годами он спровоцировал беспорядки в 146 общинах в Франконии, включая свой собственный город Рёттинген, где 20 апреля 1298 года был убит 21 еврей. В соседнем Нюрнберге в 1298 году было убито 728 евреев в так называемых "Rindfleish преследованиях".
Евреи вернулись в Ротенбург только два года спустя, но в 1336, 1338, и 1342 годах случились новые восстания, в которых евреи были убиты или изгнаны из города.
В 1348 году в Ротенбурге начались новые преследования, на этот раз из-за обвинений, что евреи явились причиной эпидемии бубонной чумы.
В 1349 году в Ротенбурге состоялось сожжение на костре евреев, которое было организовано общиной католической церкви.
Подобные атаки на евреев были и в Нюрнберге и во Франкфурте.
Почему евреи возвращались в Ротенбург-на-Таубере, если ясно, что их жизнь здесь постоянно находилась в опасности?
Дело в том, что в те годы евреи подвергались преследованиям повсюду в Европе, и они, в конечном итоге, были изгнаны из каждой страны, начиная с Англии в 1290 году, когда король Эдуард I приказал всем евреям покинуть страну после обвинения их в ритуальных убийствах.
После каждого восстания в Ротенбурге и в других местах Европы граждане позволяли евреям вернуться, потому что нуждались в еврейских ростовщиках, так как это занятие было запрещено христианам.
Преследование евреев в Европе продолжились и в 1511 году: евреям в Ротенбурге было велено носить желтый значок на одежде.
В 1520 году, когда христианам было позволено стать ростовщиками, евреи были изгнаны из города навсегда
В 1871 году германские государства были объединены в одну страну, и евреи получили такие же права, как и другие граждане. В 1875 году восемь семей создали новую еврейскую общину и переехали в Ротенбург-на-Таубере.
В 1933 году, когда Адольф Гитлер пришел к власти, преследование евреев в Германии началось снова. 10 октября 1938 года последние 17 евреев в Ротенбурге были изгнаны из города местными жителями, их судьба неизвестна.

Надгробия, встроенные в стену,

были спасены с бывшего еврейского кладбища, которое в настоящее время является парковкой. Эта область Ротенбурга-на-Таубере была разрушена бомбами союзников во время Второй мировой войны. Еще два десятка надгробий с этого кладбища находятся в подвалах императорского Городского музея.