Когда османские войска захватывали новые территории, то разрушенные в ходе боев христианские храмы их не интересовали, а в сохранившихся храмах они устраивали мечети. Не стал исключением храм святого Иоанна Крестителя, разрушенный вместе с Замком Великих Магистров в 1856 году после страшного взрыва. Разрушен храм -значит туда ему и дорога.

Иначе думали итальянцы, сначала построившие точную копию по имевшимся чертежам храма святого Иоанна , но не в развалинах Дворца, а на берегу бухты Мандраки в 1925 году. Имя храм получил в честь святого Иоанна, как и его прототип. При восстановлении Замка Великих Магистров Замок Великих Магистров ни у кого не возникла мысль о переносе храма на старое место. Вновь созданный храм представляет собой трехнефную готическую базилику и в котором византийские и готические элементы сочетаются с деталями храмов, появившихся в Сирии, когда там правили франки во времена крестовых походов.

Когда идёшь по набережной, то отчетливо видишь католический храм. Двери, окна, своды и даже высокая колокольня с часами выполнены в одном готическом дизайне. Но когда входишь вовнутрь храма, то попадаешь в православный храм. Парадоксально, но легко объяснимо.

После присоединения в 1948 году к Греции архипелага Додеканес, чьей столицей является город Родос, большинство католических храмов остались у католической общины острова, большую часть прихожан которых составляли приезжие итальянцы. В городе не было больших сохранившихся православных храмов, ведь православная Византия потеряла остров в далёком 1309 году, а затем властвовали католические рыцари-госпитальеры, турки-мусульмане и снова католики-итальянцы. И православная греческая церковь реквизировала в свою пользу красивый и удобно расположенный храм святого Иоанна.

Для начала ему поменяли название на церковь Благовещения Девы Марии. А затем был приглашен греческий литератор, иконописец, этнограф и издатель Фотис Кондоглу (1897-1965), который вместе со своими помощниками Иоаннисом Терзисом и Пантелисом Одамбазисом с 1951 по 1961 года изменил внутреннюю часть здания, добавив фрески в византийском стиле в соответствии с канонами православной церкви. Каждый сантиметр поверхностей внутри церкви, в том числе арок, был использован для рисования святых персонажей и библейских сцен в очень ярких цветах.

Хотя в России практически никто не знает о Фотисе Кондоглу, но благодаря ему не только в Греции, но на Балканах в целом, произошел поворот к традиционному православному церковному искусству и пению. Велико было его влияние и на российских иконописцев. Если до революции 1917 года большинство храмов расписывалось в западной манере, то сейчас многие российские иконописцы работают в рамках Православного Предания.

Кондоглу писал: "Все православные церковные искусства ... выражают одни и те же духовные истины – различными средствами каждое. Так, например, произведения иконописи выражают таинственными образами и цветом абсолютно те же духовные понятия, которые выражает таинственными гласами музыка или священным слогом богослужебные тексты.Всё это есть только в Православной Церкви. У протестантов церковных искусств просто не существует, а в папской церкви они искажены, и из церковных превратились в светские и мирские.

В результате получилось красивое здание снаружи в готическом стиле и с красивыми православными фресками изнутри. А хрустальные люстры придают храму солидности и радости.