Река Чуя является крупнейшим притоком реки Катунь. Первые 50 км от поселка Кош-Агач до слияния с рекой Чаган-Узун Чуя течет, разбиваясь на массу проток, по голым, выжженным солнцем стенам, в низких, местами заболоченных берегах, заросших кустарником и облепихой.
Затем река резко меняет свой нрав: становится полноводнее, возрастает скорость течения, берега сужаются. На протяжении 45 км до моста, ведущего к альплагерю Актру и одноименному леднику, почти непрерывно идут пороги, шиверы и перекаты, средний уклон Чуи 4,6 метра на километр, вдоль реки вьется Чуйский тракт. Этот участок реки носит название Горной Чуи.
В районе села Курай река входит в Курайскую степь и вновь разбивается на протоки. У отметки 457 км находится плотина Чуйской ГЭС, после которой река вновь становится бурной и стремительной. Ниже этого места расположен Мажойский каскад - сложнейшая часть водных маршрутов по Чуе.
Мажой - это 20-километровое угрюмое ущелье, вверху которого снег лежит даже летом. Ущелье имеет каньонообразный характер, в нижней части переходит в каньон с обрывистыми стенками высотой 100 - 150 м. Чуя ревет мощнейшим потоком, продираясь через частокол камней, вспениваясь валами высотой до 4-х м и падая в водопадные сливы. Мажойский каскад начинается сразу за устьем левого притока Чуи реки Мажой.
Долина реки Чуя издавна была заселена людьми. Об этом свидетельствуют многочисленные находки, а также курганы, стелы и наскальные рисунки (петроглифы).
Здесь, в долине Чуи расположено урочище Калбак-Таш, известное рисунками древних людей, высеченными на скалах.
В нескольких километрах от села Иня, Чуя впадает в Катунь. На горе, расположенной неподалеку есть площадка, к которой можно подъехать прямо на автомобиле и откуда открывается незабываемый вид: 2 мощные горные реки встречаются друг с другом и текут далее по одному руслу. Но еще далеко ниже по течению видна их граница: мутно-белая вода Чуи сильно отличается от изумрудной воды Катуни. Так и текут они какое-то время не смешиваясь - по одному руслу, но каждая по своей стороне.