Основан в 1531 году, как торговый центр между Веракрусом и Мехико. Это один из первых городов, основанных испанскими конкистадорами в Мексике и на Американском континенте.
5 мая 1862 года, во время франко-мексиканской войны около Пуэблы произошла битва, в которой мексиканская армия под командованием Игнасио Сарагосы одержала победу над превосходящими силами французов. В честь этого полководца городу изменили имя на Пуэбла-де-Сарагоса. 5 мая отмечается в Мексике как национальный праздник.

Пуэбла - крупный археологический центр Латинской Америки.

Особенностью Пуэблы является то, что это единственный город в мире, расположенный между четырёх вулканов: Пик Орисаба (5747 м), Попокатепетль (5500 м, активный и постоянно действующий), Истаксиуатль (5220 м) и Малинче (4503 м). Все четыре вулкана — самые высокие точки Мексики и одни из самых высоких в Северной Америке.

Как гласит местная легенда, первые строители Пуэбла хотели возвести тут 365 церквей, по числу дней в году. Но задумка так и не удалась. Не смотря на это, в Пуэбла можно увидеть много красивых памятников архитектуры, наиболее примечательными из которых является часовня Дель-Россарио и церковь Санто-Доминго. Они выполнены в стиле барокко, но имеют и некоторые национальные черты. Такой архитектурный стиль называют мексиканским барокко или стилем чурригеско.

В 1987 году объявлен ЮНЕСКО городом Всемирного наследия.