Свой нынешний вид полосатый баптистерий приобрёл во второй половине XIV века, хотя здание существовало и до этого: доподлинно известно, что оно стояло в центре Пистойи по крайней мере с 1100-х годов. Что с ним потом стало, неясно, ясно лишь, что планы по реконструкции постройки пришлось отложить до окончания войны между Луккой и Пизой. Время строить настало в первой четверти XIII века, когда за дело взялся известный архитектор Челлини. Под его руководством были завершены основные работы по облицовке здания цветным мрамором, а красивейший деревянный портал баптистерий обрёл уже существенно позже, в начале семнадцатого века.