Онежская военная флотилия, не так знаменита, как например Днепровская или Дунайская флотилии, но и она внесла существенный вклад в ходе разгрома немецко-фашистских и финских оккупантов во время Великой Отечественной войны. Онежская флотилия была образована в 1918 году, в период Гражданской войны действовала на Ладожском и Онежских озерах, расформирована в 1920. В августе 1941 года была вновь воссоздана и участвовала в боевых действиях в Карелии. В 1944 году в ходе Свирско-Петрозаводской наступательной операции флотилия боевые задачи по оказанию помощи войскам Карельского фронта в форсировании реки Свирь, а затем по проведению тактических десантных операций в тылу противника. 28 июня 1941 года торпедные катера Онежской флотилии беспрепятственно подошли к пирсу Речного вокзала Петрозаводска и высадили отряд морских пехотинцев. За образцовое выполнение заданий командования Онежская военная флотилия 02.07.1944 года была награждена орденом Красного Знамени. Спустя 60 лет на месте высадки десанта был открыт памятный знак морякам Онежской военной флотилии.
На гранитной плите выгравирована надпись: «Морякам Онежской военной флотилии. В честь 60-летия освобождения города Петрозаводска от фашистских захватчиков. 1944—2004. Здесь 28 июня 1944 года в 11 час. 30 мин. высадился батальон морской пехоты капитана И. С. Молчанова».
Позже были установлены мемориальные плиты, на которых — фамилии 68 моряков флотилии, погибших в ходе боевых действий на Онежском озере в годы Великой Отечественной войны, а также памятная надпись о награждении флотилии орденом Красного Знамени.
Автор памятного знака — художник В. П. Лобанов.