Аркади был не только крупным культурным центром, но и сыграл важную роль в освободительной борьбе критян против турок. Когда в ноябре 1866 года турецкая армия, численностью 15000 человек окружила монастырь, 300 повстанцев и 600 женщин с детьми нашли убежище в монастыре. Когда крепостные стены пали и турки начали кровавую резню, один из повстанцев поджег пороховые склады и мощный взрыв превратил монастырь в груду камней. Этот героический подвиг считается одним из величайших в критской истории. Он превратил монастырь Аркади в один из европейских памятников Свободы.