Первые упоминания о Селигере встречаются в русских летописях XII—XIII веков. В то время озеро, называвшееся чаще Серегер, входило в состав оживлённых путей Новгородской Земли. Эти передвижения по Селигеру прежде всего и отражены в летописях. Так, в 1199 году, в пути из города Новгород во Владимир, на Селигере скончался новгородский архиепископ Меркурий. Под 1216 годом сохранилось известие, что новгородцы «ходили Серегером на верх реки Волга».

Своё название Селигер получил от первых обитателей этого края — древних финнов. В переводе с финского Селигер толкуется как «озеро на волоке», «прозрачное озеро», «изрезанное озеро».