Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный мужской монастырь был основан в 1656 году патриахром Никоном. Здесь патриарх часто останавливался на ночлег, и решил основать подмосковную резиденцию патриархов. В будущем это место Никон видел центром православного мира, по образу и подобию «Святой земли» в Иерусалиме. Близлежащие окрестности монастыря получили палестинские наименования. Так, например, река Истра была переменована в реку Иордан, холм, на котором был заложен мужской монастырь, назвали Сионом.
При сооружении Воскресенского собора патриарх Никон использовал модель храма Гроба Господня, подаренную ему в 1649 году Иерусалимским Патриархом Паисием, и чертежи, гравированные по рисункам Бернардино Амико 1596 года.
Вскоре после закладки собора Патриарх Никон из-за разногласий с царем Алексеем Михайловичем покинул Москву и поселился в Воскресенском монастыре. Никон участвовал в постройке собора как зодчий, и как простой рабочий до 1666 года. В это время создавались изразцы, которыми украшен храм снаружи и внутри, созданные в собственных мастерских монастыря, были отлиты 15 колоколов для соборной колокольни. В 1666 году Патриарх Никон был осужден собором православных патриархов, лишен патриаршего сана и приговорен царем к ссылке в дальний монастырь. На 14 лет строительство храма было прекращено, и возобновилось усердием Царя Федора Алексеевича и благодаря старанию его тетки Царевны Татьяны Михайловны в 1679 году.
К 1685 году была завершена глава над главным воскресенским алтарем собора и шатер над часовней Гроба Господня. В 1723 году шатер рухнул, поскольку первоначально он был сделан из кирпича и не выдержал собственной тяжести. В 1726 году разрушения были усугублены пожаром. В 1730-х годах два нижних яруса ротонды восстанавливаются близко к первоначальному облику. Окна второго и третьего яруса ротонды, а также расширенные окна других частей храма, лишившиеся своего изразцового убранства, относятся к 1750-м годам, когда собор частично перестраивался и декорировался в стиле барокко. С 1749 г. до начала 1760-х над Кувуклией, по проекту архитектора Растрелли вновь возводится шатер, на этот раз деревянный, и все части собора украшаются лепниной и живописью.
В декабре 1941 года Ново-Иерусалимский монастырь оказался в зоне ожесточенных боев за Москву, 3 недели дивизия СС «Райх» жила в монастыре, при отступлении были взорваны все значимые постройки монастыря. Полностью была разрушена колокольня, шатер над Кувуклией, купол над главным алтарем собора, частично обвалилась ротонда. Я видела фотографии разрушенных башен стены — там от башен почти ничего не осталось, стены собора до сих пор в выбоинах от осколков В 1950-80 годы архитектурный облик монастыря и Воскресенского собора активно восстанавливался. Именно в это время Воскресенский собор (за исключением колокольни) был поднят из руин.
