До первого покорения Милана Фридрихом Барбароссой во главе городского совета стояли избираемые раз в год консулы, причем эту должность мог занять любой горожанин «проявляющий ум и хватку, знающий свое дело и неважно кем он родился, была ли его матушка коровницей, а папаша золотарем». По 
Ронкальским эдиктам, ущемлявшим права и свободы ломбардских городов-коммун, кандидатуры консулов должны согласовываться с императором, который к тому же назначал в город своего уполномоченного, «подеста» как его называли миланцы, обязанного надзирать за неукоснительным соблюдением императорских привилегий.
В январе 1159 года в Милан прибыли имперские чиновники во главе с эрцканцлером для внедрения в систему городского управления нового должностного лица — подеста. Дальнейшие события описаны в книге «Фридрих Барбаросса» французского историка Марселя Пако: «Перед ратушей, где велись переговоры, стал собираться народ. Было видно, что люди раздражены прибытием в город немцев. Возбуждение нарастало, и, наконец, ненависть миланцев выплеснулась угрожающими криками: «Вышвырнуть их! Чего там с ними возитесь?! Прибить их и делу конец!» Хорошо еще, что вовремя успели закрыть ставни, по которым загромыхали летевшие из толпы камни. Разбушевавшиеся горожане едва не захватили представителей Барбароссы, которым была бы уготована печальная участь. Под покровом ночи немцы тайком покинули город. Охваченный негодованием Барбаросса тут же вызвал к себе миланцев. Они явились во главе со своим перепуганным архиепископом, которому при виде императора сделалось настолько плохо, что его, бормотавшего извинения, пришлось вывести под руки. Миланцы, вынужденные держать ответ, не сказали ничего по существу, отделавшись пустыми отговорками. Уличенные в клятвопреступлении, они вызывающе дерзко заявили: «Мы, конечно, клялись, но ведь не обещали соблюдать клятву!». Новая война с Миланом становилась неизбежной».
К этому времени бóльшая часть войска Фридриха Барбароссы покинула Италию, оставшихся сил для новой осады Милана было явно недостаточно, пришлось призывать из Германии подкрепление. Большинство рыцарей даже не успели добраться до родины и настигнутые на марше императорским приказом тут же повернули назад.
Но прежде чем начать борьбу с Миланом, Фридрих Барбаросса решил преподать наглядный урок Креме, жители которой, полагаясь на союз с Миланом, не выполнили приказ императора разрушить городские стены. Фридрих Барбаросса, дорожа собственной репутацией, не мог стерпеть такой непокорности и лично возглавил осаду Кремы. Однако расчеты на скорый и легкий успех не оправдались: оборонительные сооружения маленького города в 50 км от Милана и мужество защитников не позволили решить дело одной атакой. Немцы были вынуждены перейти к долгой и изнурительной осаде, которая продолжалась 6 месяцев с неслыханным насилием и жестокостью. Император доходил до того, что «приказывал привязывать к осадным орудиям пленных итальянцев, в надежде помешать осажденным забрасывать армию стрелами и камнями», но те все равно продолжали стрелять и мстить, «истребляя на крепостных стенах своих пленников — немцев». Тогда Фридрих Барбаросса приказал казнить на глазах у осажденных 40 заложников и 6 знатных миланских пленников, а императорское войско не давало противнику ни минуты покоя, день и ночь обстреливая город из катапульт. Наконец, в январе 1160 года защитники Кремы капитулировали, им сохранили жизнь, но город был разрушен до основания.
Дорога к непокорному Милану была открыта, но Фридрих Барбаросса вынужденно направляется в Павию, где на церковном соборе предстояло разрешить вопрос двойного избрания папы римского: еще во время осады Кремы кардиналы-противники императора избрали папой Александра III, а его сторонники — Виктора IV. Созванный Фридрихом Барбароссой собор в Павии признал Виктора IV законным папой и предал анафеме Александра III. В октябре 1160 года во французском городе Тулуза состоялся собор, на котором епископы Франции, Англии, Испании и Венгрии признали Александра III законным папой римским. Папа Александр III издает буллу об отлучении от церкви Фридриха Барбароссы: император виновен в насилии и подлоге, он является «главным гонителем Божьей церкви», созвал собор в Павии по собственной воле и тем самым нарушил единство церкви, присвоил себе не принадлежавшие ему права, разорвал нерукотворное платье Христово и перепутал священническую миссию с королевской. Этой буллой папа Александр III освобождал подданных Фридриха Барбароссы от клятвы верности, «потому что никто не обязан соблюдать клятву верности в отношении отлученного от церкви». Жители Милана восторженно приняли папскую буллу, архиепископ Милана на торжественном богослужении в Миланском соборе подтвердил отлучение от церкви папы Виктора IV и императора Фридриха Барбароссы. Милан превратился в главный оплот всех антиимператорских сил Италии, и борьба с ним становилась важнейшей задачей, которую теперь предстояло решать Фридриху Барбароссе: «Победив Милан, мы победим все».
Миланцы готовились к неизбежной схватке: вокруг города был выкопан гигантский ров, приближение к которому, а тем более его преодоление затруднялись хорошо продуманной системой бастионов; на значительном удалении от города было построено около двух тысяч разнообразных полевых укреплений, крепостей и башен, препятствовавших наступлению неприятельской армии. Хорошо обученное и великолепно вооруженное ополчение миланцев представляло собой сильное войско, пригодное как для обороны, так и для нападения, превосходившее любую другую итальянскую армию и способное противостоять немцам. Весь Милан был охвачен единым порывом, готовностью защищаться до последнего. Твердо веря в чудотворную помощь своего покровителя Святого Амвросия, каждый миланец был преисполнен уверенности, что будет одержана блистательная победа в этой борьбе свободы против тирании. Горожане до такой степени не сомневались в благоприятном для них исходе дела, что смеялись над Фридрихом Барбароссой, будто бы поклявшегося снова надеть итальянскую корону не раньше, чем будет повержен Милан.
Однако, самым тщательным образом подготовившись к обороне, миланцы в одном допустили роковой просчет. Даже если городское ополчение было непобедимо, а сам город неприступен, его защитникам требовалось сохранить посевы и уберечь урожай от немцев — ведь от этого зависело обеспечение города продовольствием. Здесь было слабое место обороны, которым Фридрих Барбаросса незамедлительно воспользовался. Опыт покорения Кремы предостерег его от попытки штурмовать Милан, план военной кампании основывался на том, чтобы взять город измором: на расстоянии полета стрелы от стен Милан был оцеплен, перед каждыми воротами сооружен укрепленный лагерь, по всей округе в радиусе четырех миль были вытоптаны посевы и вырублены виноградники и масличные рощи. В паническом ужасе сельское население бежало в город, ища спасения за его стенами. Благодаря этому численность защитников возрастала, но соответственно обострялись и трудности с продовольствием, на чем Фридрих Барбаросса и строил свои расчеты. Упорно оборонявшие свой город миланцы, лишенные возможности получать продовольствие извне, были обречены на голод.
Фридрих Барбаросса отправил небольшой замаскированный под купцов отряд, который под покровом ночи сжег продовольственные склады Милана. Отваживавшиеся искать съестное на опустошенных полях за стенами города неизбежно попадали в засаду, им отрубали руки, выкалывали глаза и загоняли обратно в город. Консулы, дабы не допустить голода, со всей решимостью занялись конфискацией у торговцев хлеба и мяса, но тем самым достигли обратного результата. Охваченные паникой миланцы принялись запасаться продовольствием, цены резко подскочили, началась паника: «муж бросался на жену, брат на брата, отец на сына, лишь только заподозрив, что тот прячет хлеб».
Но осажденный Милан продолжал героически сопротивляться. Фридрих Барбаросса предложил очень жесткие условия капитуляции, гарантируя населению жизнь, но требуя засыпать рвы, разрушить стены и башни, выдать 300 заложников, принять императорского наместника — подесту, отказаться от всех пожалованных прав, выплатить контрибуцию, возвести за свой счет замок для императора, не вступать в союзы ни с какой державой, отправить в ссылку 3 тысячи граждан. В ответ отчаявшиеся миланцы предприняли попытку прорвать блокаду, 500 наиболее подготовленных всадников выехали за стены города, где их уже поджидал императорский отряд, в короткой схватке нанесший сокрушительное поражение миланцам. В осажденном городе начались бурные собрания, консулам, призывавшим стойко выдерживать осаду, грозили физической расправой. У людей, изможденных голодом и страхом, не видевших впереди ни малейшего проблеска надежды, больше не оставалось сил для сопротивления. Так под нажимом горожан 1 марта 1162 года консулы объявили о капитуляции уже без всяких условий. На Милан обрушились исключительной силы репрессии, давшие волю ненависти, копившейся с 1159 года, со времени первого покорения города Фридрихом Барбароссой. Эти репрессии должны были преподать другим антиимперски настроенным итальянским городам урок лояльности и повиновения.
Дальнейшие события описаны в книге «Фридрих Барбаросса» современного российского историка В.Д. Балакина: «6 марта 1162 года свершилось неизбежное. Вслед за своими консулами, рыцарями и духовенством миланцы, босые, с привязанными к шеям обнаженными мечами, выступили длинной процессией в горестный путь на поклон к императору. Традиционная церемония должна была засвидетельствовать сдачу побежденных на милость того, в чьих руках теперь было решение их дальнейшей участи. Сломленные миланцы пали на колени, держа перед собой деревянные кресты. Старшины городских кварталов вышли вперед, склоняя перед императором свои повинные головы и по очереди слагая к его ногам знамена. Наконец подкатили знаменную телегу и наклонили укрепленный на ней флагшток таким образом, чтобы знамя легло прямо в руки императора, который сорвал его, а затем пренебрежительно отбросил. После этого Фридрих, неподвижный, словно изваяние, долго молча смотрел на валявшихся у его ног людей, моливших о пощаде. Потом он дал сигнал эрцканцлеру, вышедшему вперед и зачитавшему документ, в котором оговаривались условия капитуляции. Выслушав, миланцы безропотно, стоя на коленях и рыдая, присягнули новому господину. Церемония, знаменовавшая собой триумф одних и унижение других, закончилась. Император поднялся и, выдержав паузу, отрывисто заявил, что ему угодно еще подумать, явить ли свою милость побежденным. На следующий день все должны собраться, дабы выслушать приговор.
Назавтра прозвучал вердикт: хотя все миланцы как государственные изменники заслуживают смерти, им все же даруется жизнь. При этом наиболее влиятельные люди города, консулы, рыцари, знатоки права, общим числом до четырехсот уважаемых миланцев, впредь должны были оставаться в качестве заложников под надзором у императора. В городских стенах надлежало сделать с четырех сторон проломы такой ширины, чтобы беспрепятственно могло войти немецкое войско. Миланцы в точности выполнили все, что было им предписано. Ничто не предвещало новой беды, как вдруг пришел приказ, согласно которому все население должно было покинуть город и под командой императорских чиновников расселиться по четырем деревням, превратившись из свободного городского сословия в зависимых сельских жителей. Каждому разрешалось захватить с собой только то, что он мог унести.
Последние надежды граждан Милана на то, чтобы ценой своей свободы, по крайней мере, уберечь родной город от разрушения, улетучились. Спустя три недели после капитуляции, 26 марта 1162 года, униженный народ покинул свою родину, идя навстречу неведомой судьбе, не сулившей ничего иного, кроме сурового рабства. Говорили, что сам Барбаросса будто бы не хотел подвергать миланцев столь страшной каре, что его склонили к принятию такого решения исконные враги Милана — жители Кремоны, Павии, Комо, Новарры и Лоди. Военные отряды этих городов спустя несколько часов после того, как Милан опустел, ворвались в обезлюдевший город, отданный им на разграбление».
Подробности разрушения Милана приведены в романе «Баудолино» итальянского писателя Умберто Эко: «Фридрих собирался было уничтожить враждебный город поджогом, но потом передумал и решил предоставить свободу действия итальянцам, которые ненавидели Милан значительно больше, чем он. Солдатам из Лоди было сказано заняться районом у восточных ворот, так называемых Порта Ренца. Кремонцам предстояло снести Порта Романа. Дело павийцев было не оставить камня на камне от Порта Тичинезе; насчет Порта Верчеллина должны были позаботиться ребята из Новарры, комаски — сокрушить Порта Комачина, а ополченцы из Сеприо и Мартезаны — испепелить Порта Нуова. Такие задания пришлись по нраву посланцам итальянских городов, они немало денег вложили в экспедицию императора именно для того, чтобы воспользоваться правом свести свои давешние счеты с бессильным, изувеченным Миланом.
Наутро в день начала погрома Баудолино заехал в середину города. Окинув ее взглядом, он не сумел разглядеть ничего, только тучи пыли. Лишь с трудом можно было различить как фасады зданий обхватывались крепкими канатами, и с гиканьем их шатали, объединяя усилия, пока фасады не подавались, а дальше опытные каменщики молотили своими кирками по подстенкам, они же карабкались на церкви и, подбивая, сносили купола, сшибали стены сваебитными бабами, а чтобы повалить столбы, меткими ударами кувалд вгоняли под цоколь клинья.
Баудолино ходил несколько дней по развороченным улицам, он видел, как рушилась колокольня главного собора, столь величественного, столь мощного, что не имел равных в других городах Италии. Усерднее всех показывали себя жители Лоди. Ими двигала только месть. Они ранее других разнесли в щебень свои кварталы города и помчались пособничать кремонцам, разорявшим Порта Романа. А павийцы, те были всех мастеровитее, долбасили не куда попало, а с расстановкой, умело сдерживая запал; выковыривали сухой строительный раствор из щелей между камнями, подводили подкопы под стены, и здание падало само.
В общем, неподготовленному человеку город мог показаться веселым цехом, где всякий рабочий энергично с господнею помощью выполняет свой урок. Вот только время странным образом двигалось в том цеху вспять: в пору бы выстраиваться из разнообразных припасов цельному городу, а между тем, наоборот, старинный город на глазах у глядящих становился пылью, обломками, взрытой землей».
В Вербное воскресенье, 1 апреля 1162 года, уничтожение Милана закончилось. В церкви Святого Амвросия, единственном уцелевшем храме, победители немцы и их итальянские союзники устроили молебен, «дабы благодарить Господа, благословившего их оружие и даровавшего им победу». А на центральной рыночной площади Милана провели плугом борозду и посыпали ее солью в знак того, что «сему месту вечно быть пусту».
