Слово абаюдая произошло от угандийского слова ба-юдея, то есть люди-иудеи. Началось все с того, что британские колонисты завезли в Уганду и свою религию. Но так как тут раньше процветало многоженство, то христианство, где жена должна быть только одна, в Уганде приживалось плохо. В конце концов, угандийцы начали задавать миссионерам вопросы: почему христианство запрещает иметь несколько жен, когда в Ветхом Завете многие их имели и это считалось нормальным? В общем, как-то так получилось, что их вера стала в основном базироваться на Ветхом Завете, на котором базируется и иудаизм. А когда они узнали, что иудаизм существует, возрадовались и стали считать себя тоже иудеями, а точнее, малакитами по имени основателя секты Малаки Мусаджакавы. В секте набралось около ста тысяч человек. Правда, этот Малаки, на самом деле, от иудаизма взял далеко не всё. Малакиты не ели свинину, имели много жен и полностью отказались от медицины. Последнее, кстати, их и сгубило. Когда в 1926 году по Уганде прокатилась чума, практически все они отказались от прививок и в результате погибли. А Мусаджакаву правительство выслало на север Уганды, где он умер. Так секта распалась.
Но вскоре появился последователь Малаки - Семей Какунгулу. Правда, в отличие от Малаки он считал, что настоящие евреи должны проходить процедуру обрезания. Оставшиеся в живых после чумы малакиты послушали речи Какунгулу и большинство из них пришло к выводу, что им с ним не по пути, так как обрезание делать не хотели. На это Какунгулу заявил, что в таком случае евреями будет считать только тех, кто будет обрезан, а все остальные не евреи. Так и возникли нынешние абаюдая.