Один из приходских храмов Подола. Выдающийся памятник архитектуры позднего барокко. Одно из лучших творений Ивана Григоровича-Барского (ул. Григория Сковороды, 12).
По легенде, церковь св.Николая Чудотворца поставили на берегу Почайны рядом с тем местом, где будто бы в 1092 г. утопился ребенок, найденный впоследствии живим перед иконой св.Николая Мокрого в Софийском соборе. Первое документальное свидетельство о деревянном приходском "Наберезском" храме содержится в люстрации (описании) 1552 г. Священник Климентий Набережский упомянут в 1613 г. В 1677 г. на средства киевского войта Ждана Тадрины вместо сгоревшей сооружена новая церковь, также деревянная. Когда же эта церковь обветшала, рядом, на противоположной стороне улицы, построили каменный храм, и некоторое время они сосуществовали. Деревянную церковь уничтожил пожар 1799 года.
Теперешняя каменная церковь построена в 1772—75 гг. И.Григоровичем-Барским. Зодчий воспользовался композицией, созданной его учителем Андреем Квасовым в церкви усадьбы Разумовских в селе Лемеши. Но он придал сооружению самобытные черты. Особенно это касается оригинального декора барабана купола, где на двойные колонны коринфского ордера вместо карниза опирается ряд полукруглых архивольтов. Вероятно, эту форму строитель заимствовал с изображения беседки на одном из рисунков своего брата, путешественника Василия Григоровича-Барского.
Храм сооружен в виде высокой крещатой в плане башни, увенчанной куполом. К коротким рукавам креста с четырех сторон примыкают низенькие апсидки. С востока добавлено еще два угловых помещения: в северном устроен жертвенник, а в южном придел св.Жен Мироносиц. На фасадах сохранились лепленые капители коринфских пилястр. Форма купола изменена после пожара 1811 года, тогда же полностью погиб интерьер XVIII в. Новую стенопись выполнил в 1837 г. художник Синельник с помощниками. В 1852 г. его поновили, в церкви установили интересный иконостас в формах позднего классицизма. В 1971—72 гг. живопись реставрировали.
Деревянную колокольню с теплой церковью в первом ярусе соорудили в 1792 г. После пожара 1811 года ее заново построили в 1820 г. В 1861—63 г., вместо деревянной, по проекту Михаила Иконникова возведена каменная колокольня с теплой церковью Благовещенья в "русско-византийском" стиле, которая плохо сочетается с барочной архитектурой Никольського храма.
Советские органы зарегистрировали единую общину Набережно-Никольской и Благовещенской церквей в июле 1920 г. Община старославянской ориентации пользовалась церковью св.Николая Набережного до октября 1938 г., а тогда самораспустилась. В 1941 г., во время нацистской оккупации храм возобновил богослужения, после войны снова был закрыт, использовался как склад кинопленок, как концертный зал.
С 1990-х годов — действующий храм УАПЦ.