Ильинский храм — первый православный храм, построенный в столице Киевской Руси. По преданию, он выстроен киевскими князьями Аскольдом и Диром. В «Повести временных лет», составленной прп. Нестором Летописцем († около 1114; пам. 27 октября/9 ноября и 28 сентября/11 октября), говорится, что в 945 г., при заключении мирного договора между Русью и Византией, было совершено богослужение в церкви Святаго Иліи, яже есть надъ ручаемъ… се бо бе соборная церковь, мнози бо бе Варязи хрестеяны. Ильинский храм находился у берегов Днепра и Почайны, к 988 г. был единственным в городе, и крещение киевлян могло совершаться у его стен.
Деревянная приходская церковь Ильи Пророка впервые упоминается под 1632 г. В перечне подольских храмов 1613 г. ее нет, следовательно, она была основана между этим двумя датами.
Каменную церковь, "яко свою придворную", построил в 1692 г. киевский мещанин Петр Гудима. Ее изображение есть на плане Ушакова 1695 г., где она показана пятиглавой. Средний купол имеет граненый световой барабан. Боковые купола были ложными, впоследствии их сняли. По плану это типичный украинский трехчастный храм с граненым бабинцом, нефом и алтарем. За счет отказа от подпружных арок внутреннее пространство воспринимается как единое. Декор фасадов имеет выразительно московский характер. Барочные крестовые окна были растесаны в XIX в.
Храм значительно пострадал во время пожара 1718 года. Здание реставрировал внучатый племянник основателя Павел Гудима в 1755 г. В это время с севера пристроили низенький теплый придел св.Иоанна Предтечи, а прямо перед церковью возвели очень интересные барочные ворота с парными колоннами и разорванным фронтоном на ажурных металлических створках ворот помещены буквы "ИП" — "Илия Пророк". Фрагменты стенописи того времени были раскрыты в 1957 г. В 1775 г. сын Павла Гудимы — "сотник киевский" Иван Гудима — устроил в приделе иконостас.
Пожар 1811 года вторично опустошил церковь, но на пожертвования прихожан ее быстро восстановили. Тогда были изменены очертания купола и пристроены ампирные притворы с запада и юга. Уже в 1818 г. установлен новый иконостас, в 1824 г. церковь заново освятили. В 1860-е годы прихожан было только 103 человека, но церкви принадлежали несколько домов и лавок (последние построены вдоль Набережно-Крещатицкой ул. в две очереди — в 1862 и 1876 гг.), приносивших ей немалый доход. В 1887 г. главный объем церкви был превращен в теплый храм (отопление за свой счет устроил церковный староста, киевский подрядчик Лазарь Чернояров). В 1888 г. на территории церковной усадьбы по ул. Почайнинской, 4 сооружен двухэтажный смешанный дом (позже обложенный кирпичом) с помещениями для нужд причта и коммерческого использования. К этому же времени относится и металлическая ограда. В 1899 г. Ильинскую церковь оборудовали калориферным отоплением. В 1909 г. в церкви провели электрическое освещение, тогда же художники иконописной мастерской Антона Маленко поновили всю живопись стен, сводов и иконостаса, а также написали новые образа под хорами (Божьей Матери) и при входе в храм (свв.Антония и Феодосия, Божьей Матери).
Небольшую колокольню с шатровым завершением московского типа датируют началом XVIII в. По силуэту она напоминает колокольню церкви Николая Доброго. Около середины XVIII в. к колокольне пристроили одноэтажный вытянутый корпус "малой бурсы", где жили студенты Киево-Могилянской академии (ныне крещальня).
Советская власть зарегистрировала церковный приход в 1920 г. В начале 1930-х годов церковь была закрыта и превращена в склад Заготзерна. Богослужение возобновилось с началом нацистской оккупации в 1941 г. В 1954 г. восстановлено завершение колокольни, поврежденное во время нацистской оккупации; в 1970 г. колокольню и бурсу отреставрировали.
После назначения в 1991 г. настоятелем храма протоиерея Виталия Косовского жизнь Свято-Ильинской церкви преобразилась. Разительно изменились интерьер и оформление церкви. Следует акцентировать внимание на резном трехъярусном иконостасе, визуальное решение которого перекликается с оформлением иконостаса Владимирского собора. Белизна резьбы кажется светлым облачком на сдержанном фоне интерьеров храма. Это напоминание верующим о необходимой чистоте сердца и святости жизни, которые являются залогом спасения. Святые образы в иконостасе выполнены в соответствии с традиционными предписаниями.
Оформлен Ильинский храм с соблюдением канонов академической школы. На стенах размещено около 40 сюжетов, в тематике которых доминирует жизнеописание пророка Илии. В росписи алтаря центральной темой является Евхаристия. Главный образ – Иисус Христос – вечный архиерей. На стенах Иоанно-Предтеченского придела размещено множество старинных икон.
Свято-Ильинский храм является местом особого паломничества киевлян. Сохраняя древние традиции и постоянно возрастая в жизни христианской, община храма находится под Первосвятительским омофором Блаженнейшего Владимира, митрополита Киевского.