Существовала в давние времена деревенька Nothausen, построили в ней церковь Святой Марии, которая стала известна в округе с 948 года и называлась St. Maria in Nothausen. Затем деревеньку переименовали в Airsbach, а в 1106 году город Кёльн поглотил её. Вокруг церкви сложился монастырь Святого Георгия в 1067 году. А место, где стоит церковь, именуется в честь некоего Lisolvus, римского патриция, который то ли построил новую церковь, то ли владел этой местностью. Название видоизменялось, если в 1135 году церковь называлась "ecclesia Lisolvi", то с 1528 года начало применяться современное название "'St. Мария Lyskirchen".

Нынешняя церковь была построена между 1190 и 1220 годами. Несколько раз перестраивается, в том числе после наводнения 1784 года и бомбардировок Второй Мировой войны. Но в отличие от многих других кёльнских церквей храм пострадал меньше. Была разрушена лишь башня хранилища и рухнули своды галереи. Остальные своды остались целы. Поэтому ремонт в 1947-1962 годах коснулся ремонта наружных стен и о время его было восстановлено хранилище картин. Заодно внутренний интерьер подновили, хотя отдельные ремонтные работы продолжались до 1989 года.

Некоторое время церковь именовали Schifferkirche (церковь шкиперов). На стене церкви была расположена деревянная скульптура высотой в 2 метра Schiffermadonna, которая покровительствовала лодочникам Рейна и которые могли видеть её и восхищаться, проплывая мимо церкви. Появилась скульптура в церкви в начале XIX века после роспуска монастыря в Walberberg, находившимся выше по течению Рейна. Создана скульптура в 1420 году. В 1930 году её спрятали вовнутрь храма.