Храм «за рекою за Коломенкою святых страстотерпцев Бориса и Глеба» упоминается среди других церквей города в документах XVI в. До XVII в. он оставался деревянным. Каменная церковь была построена в 1716—1726 гг. на средства состоятельных жителей Запрудской слободы К.Житникова и Н.Набокова.

Во второй половине XVIII — начале XIX вв. к Борисоглебской церкви присоединили трапезную с алтарем во имя святых праведных Захарии и Елисаветы. Входы украсили колоннами, круглые закомары заменили карнизами, четыре барабана расставили вокруг центральной главы. Святыней храма была икона святых братьев начала XIV в. — в полный рост, с житийной каймой по краю. Сейчас она находится в Третьяковской галерее.

В храме крестили русского писателя Ивана Ивановича Лажечникова. В XX в. храм посещал Федор Иванович Шаляпин. По воспоминаниям местных старожилов, когда он пел в храме, от силы его голоса гасли лампады.

Перед закрытием церкви здесь служил протоиерей Илия Остроумов. Потом здание использовали под ремонтные мастерские, под склады. В Великую Отечественную войну здесь ремонтировались танки. В советское время была разрушена колокольня, стерты росписи на стенах, в трапезной части пробита стена для въезда транспорта, в полу выкопана большая яма.

В момент передачи общине в 1995 г. Борисоглебская церковь являлась самой порушенной и пострадавшей в Коломне.

С 1995 г. началось ее возрождение. Назначен настоятель, возобновляется богослужебная жизнь прихода. Написана и установлена в иконостасный ряд икона святых благоверных князей-страстотерпцев Бориса и Глеба — копия прежней.