Уникальный многопрофильный музей под открытым небом был создан 16 февраля 1988 года.

Скала с рисунками древних людей на берегу р. Томи, открытая на рубеже XVI -XVII вв., на протяжении сотен лет приковывала к себе внимание исследователей. Ее описания содержатся в трудах известных ученых и путешественников XVII- XIX веков Ф.И. Страленберга, Г.Ф. Миллера, Г.И Спасского и многих других. В 60-70-х годах ХХ века изучение томских петроглифов продолжили советские исследователи А.П. Окладников, А.И. Мартынов, В.В. Бобров, Ю.М. Бородкин, Э.И. Биглер. Завершающим этапом этих многолетних исследований стал капитальный труд А.П. Окладникова и А.И. Мартынова «Сокровища Томских Писаниц» (1972), а также десятки статей в научных журналах в СССР и за рубежом. Наука сделала свое дело, ученые помогли современникам понять смысл жизни и мировоззрение древних, но оградить памятник от естественного разрушения под действием природных факторов, а главное от вандалов, они были не в силах.

В 60-80-е годы своеобразным штабом по спасению скалы стала группа ученых, преподавателей и студентов-историков под руководством профессора Анатолия Ивановича Мартынова.

Благодаря этим людям была осуществлена первая реставрация памятника, построена знаменитая лестница, которая и сегодня является главным спуском к скале, развернута просветительская деятельность среди населения посредствам публикаций в прессе, радио и телепередач, организованы первые экскурсии. В 1968 г. территория, прилегающая к писанице была объявлена заповедной зоной, а к середине 80-х, в том, что здесь, на Томской писанице, должен быть музей сомнений уже ни у кого не было.


Во главе музея-заповедника «Томская Писаница» стал профессиональный этнограф, к.и.н. В.М. Кимеев. В это время были заложены основы функционирования музея: создан профессиональный коллектив единомышленников, утверждены охранные зоны и генеральная схема развития музейного комплекса, проведена топосъемка местности, осуществлен землеотвод, подготовлен и утвержден генеральный план, налажен выпуск рекламной и сувенирной продукции . Были проведены первые комплексные экспедиции по комплектованию фондов и изучению традиционной культуры русского и шорского – коренного населения Притомья, положено начало формированию этнографических экспозиций музея. «Шорский улус Кезек» и «Русское сибирское село». В 1989-91 гг. в результате разведывательных археологических экспедиций вниз по течению Томи сотрудниками музея были обнаружены новые наскальные рисунки. С 1991 по ноябрь 2004 года музей возглавляла Г.С. Мартынова. Этот период в истории музея-заповедника «Томской Писаницы» ознаменован появлением новых экспозиций, организацией научных конференций и семинаров. В 1995 году музеем-заповедником организована международная конференция по проблемам древнего наскального искусства; открыты музей «Петроглифов Азии», являющийся сегодня крупнейшим в России хранилищем коллекций наскального искусства Центральной Азии и археологический комплекс «Археодром». В 1996-97 гг. созданы экспозиции «Мифология и эпос народов Сибири», Славянский мифологический лес», в 2000 г. экспозиционные комплексы «Время, космос и календари» и «Живая археология». Во второй половине 90-х годов музей-заповедник начинает принимать активное участие в конкурсах и музейных форумах и получает признание в России и за рубежом.

Музей-заповедник «Томская Писаница» сегодня – это динамично развивающийся современный многопрофильный культурный комплекс, успешно сочетающий в себе музейную специфику, научную и культурно-просветительскую деятельность. За 20 лет, практически с нуля, он превратился в настоящий музей XXI века и по праву является гордостью Кузбасса. В штате музея сейчас состоят более 60 человек, работающих в разных отделах: фондов, экскурсий и туризма, научно-экспозиционном, реставрации и строительства, административно-хозяйственном. Музей-заповедник «Томская Писаница» — излюбленное место отдыха кузбассовцев и гостей области. Томскую писаницу посещают находящиеся в Кузбассе с деловыми визитами политики, бизнесмены, представители культуры и науки. В разные годы в музее побывали многие наши знаменитые соотечественники и звезды мировой величины, среди них: многократный чемпион мира по шахматам Анатолий Карпов, космонавт Алексей Леонов, певцы Дмитрий Хворостовский и Валентина Толкунова, знаменитый путешественник Юрий Сенкевич, актер Пьер Ришар и многие другие.