Здание Крестовоздвиженского собора, прежде Кройц-Кирхе, было возведено в Кёнигсберге в
1930-1933 годах, в пойме реки Преголя на острове Кнайпхоф. Кирха была построена по проекту берлинского архитектора Артура Киктона для лютеранской евангелической общины.
Храма Креста является последним культовым зданием построенным в Кёнигсберге.

Отличительными особенностями данного здания среди всех кирх города являлись:
— две башни колокольни, характерные для католических костёлов;
— изображение большого креста на фасаде и католическая символика в виде сердца Иисуса и
трилистные лилии — изображение Пресвятой Троицы;
— круглая форма основания здания, символизирующая Вечность;
— отступление от готического стиля в пользу восточных форм храмового зодчества;

Здание храма не имело традиционного устроенного фундамента и подвальных помещений в связи с особенностями грунта, образовавшего остров в пойме двух рукавов реки — это торфяники и глубокие подвижные илы.
Кладка храма, начинающаяся на глубине трех метров, опиралась на трёхслойные бревенчатые пихтовые плоты.

Два ряда колонн делили внутреннее пространство кирхи на три нефа. С восточной алтарной стороны, несколько позднее, было пристроено жилое здание для духовенства и собраний
общины.

В годы Второй мировой войны здание пострадало от бомбёжки английской авиации в апреле 1945 года. Сгорели перекрытия, обрушилась кровля и повредилась южная башня колокольни.
Немного более серьёзным утратам здание подверглось в годы послевоенной эксплуатации не по назначению.

В 1946 году на территории Восточной Пруссии была образована Калининградская область,
начато массовое выселение местного немецкого населения и замена его переселенцами из регионов России и Белоруссии.
В начале 1950-х годов произошла реконструкция здания Кройц-Кирхи. Были выполнены новые бетонные перекрытия двух этажей и надстроен третий этаж в основной части храма.
Форма кровли была видоизменена и стала более пологой.

В 1946-1989 году здание храма использовалось под фабрику изделий для тралового рыбного лова. На межэтажных перекрытиях работало тяжёлое вибрирующее оборудование, что привело к перегрузке фундамента и стен, вследствие чего они треснули.

В 1989 году здание было передано РПЦ, были проведены пятилетние работы по реконструкции и ремонту. Храм приобрёл первоначальный вид и в 1994 году было совершено освящение храма в честь Воздвижения Креста Господня и придела в честь Святого блг. князя Александра Невского.

В январе 2000 года митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл освятил янтарный иконостас главного верхнего придела собора.