Храм был построен в 1892 году на пожертвования болгарских, армянских, русских купцов, а также жителей Грозного. Строили его терские казаки, помогали им офицеры-чеченцы. Храм никогда не закрывался, даже в богоборческие времена. Храм сильно пострадал в первую чеченскую войну. Все убранство, иконы сгорели, а настоятель храма иерей Анатолий Чистоусов в январе 1996 года был похищен боевиками и через несколько недель расстрелян. В январе 1997 года был похищен настоятель храма иеромонах Евфимий (Беломестный). Он был освобожден в ходе спецоперации в феврале того же года. В июне 1999 году похитили настоятеля храма иеромонаха Захария (Ямпольского). Его судьба неизвестна до сих пор.
В 2004 году храм стали восстанавливать по просьбе прихожан, которые забрасывали письмами различные инстанции. Силами военных была отстроена заново крестильня, в которой стали совершаться богослужения.

На собранные средства жертвователей со всей России был отлит набор из семи колоколов, приобретены иконы, в том числе храмовая икона архангела Михаила, куплена православная литература для прихожан.
Завершились восстановительные работы в 2006 году; тогда же водрузили купола и кресты. 21 ноября 2006 года, в день празднования Собора архистратига Божия Михаила и прочих небесных сил бесплотных, состоялось освящение храма. К этому дню был доставлен и установлен иконостас. Воронежцы передали прихожанам-грозненцам одежду, обувь, продукты, церковную утварь и духовную литературу.
В конце 2008 года началась реставрация храма: позолотили купола, голубые стены выкрасили в белый цвет. 26 апреля 2009 года состоялась церемония освящения отреставрированного храма.