Из письменных источников известно, что во времена Дмитрия Донского из окрестностей Новгорода пришел и поселился здесь пустынножитель Федор, к которому через три года присоединился его брат Павел. В 1363 году в Ростов приезжает Сергий Радонежский и братья получают от него благословение на создание монастыря. Изначально все строения в монастыре были деревянными, как это издревле было на Руси. Таковым он просуществовал почти 160 лет.

По преданию, именно здесь был иноком легендарный монах-воин Пересвет, начавший Куликовскую битву.

В 1440 году Борисоглебский игумен Питирим крестил здесь первого русского царя Ивана III. Как и его отец, Иван III любил этот монастырь и всю жизнь жаловал его деньгами и вотчинами.

При сыне Ивана III, Василии III, в 1522 году в Борисоглебском монастыре начинается каменное строительство. Трижды посещал Борисоглебскую обитель и самый грозный царь — Иван IV.

От церкви вниз к стенам идет небольшая тропинка, пройдя по ней можно оказаться около пристроенного к стене небольшого скита, это скит святого Иеринарха-затворника, благословившего Минина и Пожарского перед знаменитым походом на Москву 1612г.

Борисоглебский монастырь был упразднён в 1924 году и возрожден лишь 70 лет спустя.

После упразднения монастыря, на его месте существует музей — филиал музея-заповедника "Ростовский кремль". В музее действует несколько экспозиций, к показу предлагаются переходы крепостных стен и смотровая северо-восточная башня. Сейчас музей и монастырь делят одну территорию.

Музей работает с 10 до 17 часов без выходных дней.

Очарование этого монастыря в том, что он, как правило, достаточно малолюден. Организованный тур. группы здесь бывают нечасто, и нет суеты, которая часто им сопутствует.