В связи с увеличением числа православных жителей в с. Армавир в конце 1880-х и начале 1890-х гг. возникла необходимость в строительстве церкви. Документы о ходе строительства церкви не сохранились, но в архиве Ставропольской Духовной Консистории имеются сведения о том, что 21—22 ноября 1892 г. в Консисторию поступили два документа: рапорт благочинного о. Александра Осецкого и акты его инженера Александровского об освидетельствовании новой церкви, построенной в с. Армавир. Из этих документов следует, что все работы по постройке каменной церкви в с. Армавир произведены были правильно, из добротных материалов, в соответствии с утвержденным проектом.

Самостоятельный приход в с. Армавир Лабинского отдела Кубанской области был открыт по указу Святейшего Синода № 869 от 12 марта 1885 г. Вскоре была построена и церковь.

По воспоминаниям старожилов города Армавира перед Великой Отечественной войной Николаевкая церковь была разрушена.
22 мая 1996 года, в день празднования святителя Николая, Епископом Майкопским и Армавирским Филаретом был назначен настоятель общины несуществующего Никольского храма протоиерей Геннадий Волков. Созданная община во главе с настоятелем прот. Геннадием многократно ходатайствовала перед властями г. Армавир о восстановлении храма 1 октября 1996 года Решением Городской Думы г. Армавир было передано здание фотоателье, находящееся в ветхом состоянии, во временное пользование общины. Уже 5 октября 1996 года были разобраны внутренние перегородки здания фотоателье и совершена первая Божественная Литургия. Далее был разработан проект строящегося храма и проведена государственная экспертиза. Но, к сожалению, долгое время Городские власти не разрешали начать строительство. Только лишь 28 ноября 2000 года Отделом Капитального строительства г. Армавир Свято-Никольскому приходу было выдано Разрешение на начало строительных работ. В этом же году был заложен фундамент на территории разрушенной Николаевского Собора. 19 апреля 2004 года была совершена первая Божественная Литургия в выстроенном храме. В настоящее время совершаются отделочные работы Свято-Никольского храма и придела в честь Казанской иконы Божьей Матери. В нынешнее время настоятелем Свято – Никольского храма является протоиерей Геннадий Волков, он же является Благочинным Церквей Армавирского округа.