Датировка строительства среднего храма Архыза точно неизвестна, но не позже середины 10-го века. Расположен, примерно, в километре южнее Северного. Уступает ему в размера и архитектурной сложности.

Длина — 21,50 м, ширина — 13,25 м, высота от пола до пяты купола — 15 м. Кладка среднего храма Архыза выполнена римско-византийским способом из крупных тесаных песчаниковых плит и камней на известковом растворе, с бутобетонным заполнением между панцирями. Из кирпича сложены только подпружные арки, арки в конхах и некоторые арочные завершения проемов.

В плане средний храм Архыза представляет трехапсидное, крестовокупольное и бесстолпное здание; восточными устоями служат алтарные простенки, западными — стены храма. Подпружные кирпичные арки опираются на вмонтированные в них импосты и несут цилиндрический барабан с низким куполом. Подкупольный квадрат имеет правильную форму со сторонами 3,80 м. Западный рукав открыт и сильно вытянут за счет нартекса и единственного (с западной стороны) притвора. В нем находится главный, портальный вход в средний храм Архыза высотой 5,40 м.
Интерьер освещался 25 узкими окнами и люнетами входов, причем световой центр приходился на подкупольный квадрат. Объемы среднего храма Архыза представляют крестообразный массив. Средний храм Архыза, как и Северный храм Архыза, покрыт хорошо сохранившимися каменными коробовыми сводами с двускатным и односкатным покрытием из тонких плит, положенных с напуском. В прошлом данный храм Архыза был богато украшен фресками, которые в 19-м веке заштукатурили монахи местного монастыря во время ремонта.