Из всех христианских аланских храмов, сохранившихся на территории Карачаево-Черкесии, единственным действующим ныне является Южный храм. Как установлено современными исследованиями, эта церковь, при постройке в X веке, была посвящена св. пророку Илии. Поэтому при последнем освящении в 1991 году было сохранено ее древнее имя — Ильинская. Расположенный среди жилых кварталов Нижне-Архызского городища, Ильинский храм по сравнению с другими церквями, отличается скромными размерами: 20 на 25 греческих футов ( 1 греч. фут равен 30,8 см). Поэтому, скорее всего, он входил в составы усадьбы богатой аланской семьи и был ее домовой церковью.

В целом храм построен в русле античных строительных традиций, в частности, с применением кладки " тычком и ложком " в углах здания. Сложенный несколько грубее главных Нижне-Архызских храмов он в то же время связан с ними рядом общих архитектурных элементов, такими, как разработка главы и апсидальной части, подпружных арок и полочек-импостов. Эта общность архитектурно-строительных приемов указывает на принадлежность всех трех Нижне-Архызских церквей к одному архитектурному направлению и примерно к одному отрезку времени — в пределах X века.

Известно, что Христианство на Русь пришло с юга, из Византии. Вначале были крещены Армения, Грузия, Абхазия. Затем византийские миссионеры проникли через Кавказский хребет, и уже в VII веке начался процесс постепенной христианизации Алании. Его завершением можно считать 916 год, когда при константинопольском патриархе Николае Мистике в крупнейшем религиозном центре Алании — Нижне-Архызском городище, произошло массовое крещение основной части населения Западной Алании.

В XIX веке, во время основания Александро-Невского Зеленчукского монастыря, Южный храм был восстановлен и освящен в честь св. благоверного князя Александра Невского. Он являлся зимним монастырским храмом и отапливался подземными печами, горячий воздух из которых поступал по специальному воздуховоду. Церковь была соединена крытой пристройкой с трапезной, размещавшейся на первом этаже братского корпуса, в результате чего она могла вмещать значительное количество монахов и паломников. Рядом с ней была построена небольшая часовня и звонница монастыря. Сохранилась монастырская живопись в алтарной части храма: голубь — символ Святого Духа, херувимы и серафимы, восьмиконечные кресты. После революции монастырь постигла участь почти всех российских монастырей. Он был закрыт, а монахи репрессированы. Часть их еще долгое время скрывалась в близлежащих горах, в многочисленных каменных кельях.

Ныне Ильинский храм венчает крест, ранее стоявший на Среднем храме. В период разорения монастыря крест был пробит пулями, поэтому его пришлось реставрировать. Расстреливали не только людей.

В настоящее время церковь пророка Божия Илии, в которой совершались богослужения еще до крещения Руси, является древнейшим действующим христианским храмом на территории России