Каменный храм, датируемый X в. (наиболее вероятно относится к сер. Х в.). Крестообразная в плане бесстолпная однокупольная постройка с пониженными юго-восточным и северо-восточным приделами. В XIII-XIX вв. пустовал, в 1896-1897 отремонтирован, сооружены западные пристройки, освящён как Троицкий, в ХХ в. проводились реставрационные работы. В настоящее время в ведении Нижне-Архызского историко-археологического заповедника.
Средний Зеленчукский храм относится к крестовокупольному типу сакральных зданий. Его интереснейшей особенностью является то, что композиционно он задумывался зодчим как "крест свободный" (так называемый croix libre), с двумя равными по длине ветвями креста. Эта архаичная форма храма позволяет отнести время его сооружения к концу IX века. В ходе строительства церкви первоначальный замысел архитектора изменился, и к центральной апсиде были пристроены две боковые апсиды, а западный рукав креста удлинен на величину модуля храма.
Храм сложен из больших, тщательно отесанных блоков и плит на прочном известковом растворе. Особый интерес представляет архаичная подковообразная форма люнетов над южным и северным входами, также указывающая на древность церкви. Прекрасная акустика в храме достигается с помощью голосников — системы глухих и сквозных отверстий в его сводах.

Интерьер храма был украшен великолепными фресками. Особенно много сохранилось их в экзонартексе — западном рукаве креста. Наибольший интерес по своей цветовой гамме и деталям костюмов представляют фрески с изображениями "Святых воинов". На южной стене над дверью был изображен святой с крестом в руке. Предположительно — Константин Великий.