Один из самых древних и самых больших чешских монастырей - монастырь в Кладрубах - был основан в 1114 году князем Владиславом.
Бенедиктинский монастырь с костелом Девы Марии был процветающим с самого основания. В 1421 году на монастырь напали гуситы и захватили его. Монахам удалось вывезти из монастыря в Ржезен самое ценное имущество. Гуситы разрушили часть монастыря, которая была вновь отреставрирована и освещена лишь в начале XVI века. Однако на этом беды монастыря не закончились: в 1590 году в Кладрубах произошел пожар, в результате которого сгорели все монастырские постройки. Тридцатилетняя война также нанесла ущерб монастырю, восстановление которого началось лишь в 1664 году и продлилось почти 20 лет. С монастырем в Кладрубах связывают имя одного из самых знаменитых в Чехии святых - Яна Непомуцкого, умершего мучительной смертью. Викарий Ян Непомуцкий, происходивший из соседнего с Кладрубами Непомука, был наказан королем Вацлавом IV за препятствование назначению кладрубским аббатом своего фаворита. После мучительных пыток Яна Непомуцкого бросили еще живым в мешке в Влтаву. Его тело было извлечено и похоронено в Соборе святого Вита в Праге. В память об этом печальном событии в Чехии скульптуры святого Яна Непомуцкого украшают многие мосты и другие места.
Нынешний вид монастырь обрел в XVIII веке, перестроенный в стиле барочной готики Яном Блажеем Сантини. По приказу Сантини башни собора были разрушены и вместо них возвели высокий купол с фонарем и золотой княжеской короной, которая символизирует тот факт, что в стенах монастыря похоронен его основатель - князь Владислав.
В 1785 году во время йозефинских реформ монастырь в Кладрубах был закрыт, а в его стенах размещалась больница, затем казарма, помещение для инвалидов и т.д. В начале XIX века монастырь купил полевой маршал Альфред Виндишграц, роду которого эти земли принадлежали вплоть до 1945 года.
Сегодня монастырь открыт для посетителей. В нем размещена постоянная экспозиция об истории бенедиктинцев и проводятся концерты. Внимание посетителей также привлекает лапидариум со скульптурами М.Б.Брауна и ранняя готическая Кладрубская мадонна.