Покровский монастырь находится в историческом сердце города, на Университетской горке.

Основан в 1726 году в связи с переводом в Харьков архиерейской школы. При монастыре был создан Харьковский коллегиум — первое высшее учебное заведение Левобережной Украины. В 1804 году, после основания в Харькове университета преобразован в духовную семинарию. В коллегиуме преподавал Григорий Сковорода, известный философ и поэт.

Главный храм обители — Покровский собор (трёхкупольный храм в стиле украинского барокко слева от ворот) был основан раньше. С 1659 года у северной стены харьковской крепости с внешней стороны стояла деревянная церковь, на месте которой был в 1689 году построен каменный храм. Это старейшая из сохранившихся в Харькове построек.

Рядом с Покровским собором стоит Озерянская церковь в честь главной святыни монастыря (с 1844 года) — Озерянской иконы Божьей матери. Поскольку Покровский собор не мог вместить всех желающих, в 1896 году была освящена Озерянская церковь, где поместили икону.

В 1922 году монастырь был закрыт. С Озерянской церкви внесли все главы, внури находился государственный архив. Покровский собор стоял в лесах. В бывшем архиерейском доме (здание прямо напротив монастырских ворот) и принадлежавшем монастырю здании по Университетской, 10, сдаваемом в аренду Жирардовской мануфактуре, размещалась экспозиция исторического музея (ныне переведена на Университетскую, 5). С 1992 года монастырь возвращён церкви и постепенно восстановлен.