В далеком 1597 году 2 сестры Волович — жена брестского воеводы Феодора Волович и жена смоленского воеводы Дорофея-Анна на принадлежавшей им земле и на свои средства возвели деревянную церковь.
Годом ранее, в 1596, происходили судьбоносные события, была заключена Брестская уния, предполагавшая не только объединение Литвы и Польши в одно государство, но и объединение православной и католической Церкви с признанием главенства Римского папы и догм католической Церкви.
Тогда для православных Литвы наступили тяжелые времена, все приходские церкви в Вильне были закрыты, Свято-Троицкий монастырь был отдан униатам. Но народ виленский боролся за свою святую православную веру.
После многих отказов, в 1597 году Свято-Троицкое братство получило от короля Сигизмунда III разрешение построить новую церковь на Большой улице, почти напротив Св. Троицкой обители. И построенная церковь была передана в собственность братству, которое стало группировать около этой святыни свои силы и свои учреждения — училище, типографию, богадельни...

Училище, именуемое коллегией, состояло из 5 классов, в нем преподавались все те же науки, что и в вильнюсской иезуитской академии. Для студентов этого училища в 1618 году были составлены и напечатаны первые "Словарь" и "Словенская Грамматика". По ним учились тысячи людей, в том числе и великий Михайло Ломоносов — не вдавалась в подробности, но специалисты говорят, что есть тому подтверждение.

Также шла работа по возведению каменного храма (вместо деревянного), который "с благоукрашением внутренним соединил бы и представительность внешнюю...", завершились работы в 1640 году.

Свято-Духов монастырь всегда оставался православным, это единственная в Вильнюсе православная церковь, не бывшая в руках униатов. Свято-Троицкое братство еще в 1588 году от Константинопольского патриарха получило право ставропигии, т.е. оно непосредственно подчинено было Константинопольскому патриарху и не зависело от местной церковной власти. Переселившись из Троицкого монастыря, братство передало это право Св.-Духову монастырю, и потому все православные монастыри в Литве, мужские и женские, были подчинены Св.-Духову монастырю.

Первым настоятелем монастыря был архимандрит Леонтий (Карпович), по рождению белорус.
В миру Карпович Лонгин, родился около 1580 года в семье священника, был младшим сыном Михаила Карповича, протопопа пинской замковой церкви св. Димитрия. Лонгин учился сначала в школе при пинском Лещинском Богородице-Рождественском монастыре, затем в школе православного Виленского братства при Свято-Троицкой церкви, куда поступил благодаря родственнику — И. Карповичу, члену Виленского братства, к которому вскоре присоединился. Примерно с 1598 года стал "слугой и писцом" братским, был послом братства на сеймах,
а также пономарем, "шпитальным дозорцой", "строителем церковным, албо вытрикушом". Уже в 1600 году возглавил братскую типографию: стал корректором и главным типографом, отвечал за отбор материалов для печати, сменив на этом посту погибшего Стефана Зизания. Около 1605 года начал преподавать в братской школе.
В январе 1609 года в качестве одного из послов представлял Виленское братство на Варшавском сейме, задачей посольства был протест против действий униатского митрополита. По пути на сейм Карпович посетил в Заблудове экзарха Константинопольского патриарха в Киевской митрополии протопопа Нестора Козменича. Вскоре после этой поездки, во второй половине 1609 — начале 1610 года, принял монашеский постриг с именем Леонтий, после был рукоположен во иерея к Свято-Духовской церкви в Вильно, через некоторое время возведен в сан архимандрита и стал первым настоятелем Свято-Духова монастыря.

В начале XVIII века шведы разорили монастырь и церковь. Большую материальную помощь в его восстановлении оказал в 1708 году Петр I.
Частые опустошительные пожары, которым не раз подвергался Вильнюс, не щадили и церковь Св.Духова монастыря, в 1749 году он сгорел, остались одни стены.
Церковь сильно пострадала и в 1812 году — солдаты Наполеона устроили в ней кухню, испортили иконостас, сожгли царские врата, взломали полы, закоптили стены...
После войны храм был приведен в наилучший вид — средства на это выделил виленский купец первой гильдии Александр Николаевич Слуцкий. Позднее появилось общее отопление, а при архиепископе Алексии была заново отделана вся церковь и приведена в то состояние, в котором она находится теперь. Наружный вид церкви стал таким, каким мы его видим сегодня.
В 1837 году, при императоре Николае I, из царской казны были выделены средства на ее переустройство.

Если внешне все просто и лаконично, то внутри — полнейший восторг, барокко во всей красе.
Главное украшение интерьера хрaма — иконостас, изготовленный по проекту И.К.Глаубица после пожара в 1749 году.

Он великолепен!
Запомнился в первую очередь уникальным зеленым цветом, подчеркнутым позолотой, служащей также окладами для живописных икон.
Голубые вазоны на нижних ярусах сменяются фигурами святых наверху.

И над все этим — небесно-голубые своды купола.

Главный Престол собора освящен в честь Сошествия Святого Духа на апостолов.
Собор имеет 2 предела: правый – во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова, левый – во имя святых равноапостольных царей Константина и Елены.
.

Здесь цвета совершенно другие, нежных светлых оттенков розово-бежевого с белоснежной лепниной.

Орган вписан между окнами на верхнем ярусе храма, звучания услышать не довелось.

В настоящее время Свято-Духов монастырь является центром православия в Литве. Монастырская церковь по сути дела является кафедеральным храмом, кроме того, в монастыре расположена резиденция митрополита Виленского и Литовского Хризостома. В этой святой обители подвизался и теперешний епископ Петропавловский и Камчатский Игнатий.