В Великом Новгороде церковь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова была заложена в 1383 году непосредственно за кольцом Окольного города, в урочище Радоковицы, у места где в прошлом в Волхов впадала маленькая речка Витка. Храм был освящён в 1384 году как главный храм небольшого и небогатого женского монастыря, основанного новгородским архиепископом Моисеем на правом берегу реки Волхов.

Здание церкви имеет характерные черты новгородского зодчества второй половины XIV века и
представляет собой трёхнефную, одноапсидную, однокупольную прямоугольную постройку с несколькими каменными закладными крестами в стенах и композицией из трёх окон с двумя узкими нишами между ними над древним порталом.

Подобная композиция имеется также на фасаде церкви Спаса на Ильине улице,
Церковь Спаса на Ильине. Фрески Феофана Грека
и на фасаде церкви Петра и Павла в Кожевниках.
Великий Новгород. Храм Петра и Павла в Кожевниках

В древности фасады храма имели трёхлопастные завершения, позже были заменены щипцами, по которым была положена восьмискатная кровля. В XVI веке с запада был пристроен каменный притвор с тёплым Успенским приделом, на фундаменте которого в XVII веке была сооружена пристройка с небольшой звонницей.

Богословский монастырь был упразднён в 1764 году и храм действовал как приходской.
В 1799 году к церкви была пристроена невысокая колокольня в стиле классицизма.

В середине 1920-х годов церковь была закрыта, помещения церкви использовались как склад располагающейся рядом лодочной станции.
В годы Великой Отечественной войны храм серьезно пострадал. В аварийном состоянии был угол храма, который грозил обрушением, в 1946 году он был временно укреплен с помощью системы бревенчатых подпор, а в 1952 году его впервые реставрировали, но не использовали и храм тихо ветшал и разрушался. Стала протекать кровля, потрескались своды и стены — в таком плачевном состоянии в 2001 году храм был передан общине Русской Православной Старообрядческой Церкви Великого Новгорода, после чего началось его восстановление.

Cоздание общины РПСЦ в Великом Новгороде началось в 2000 году, после посещения города митрополитом Московским и всея Руси Алимпием. Побывав здесь и встретившись с живущими в городе старообрядцами, он в следующем 2001 году направил сюда уставщика Александра Панкратова с благословением организовать приход и открыть храм. За этим последовали годы неустанных трудов старообрядческой общины.

После праздника Всех святых 2004 году Великий Новгород посетил митрополит Андриан и принял решение о диаконской хиротонии уставщика новгородского храма, и 19 августа 2004 года, в Москве, на праздник Преображения Господня, отец Александр Панкратов был рукоположен во диакона.
В феврале 2006 года Великий Новгород посетил митрополит Корнилий и 15 апреля 2006 года, в Москве на Рогожском кладбище состоялась священническая хиротония о. Александра, теперь в храме идут регулярные службы, совершается литургия.

Настоятель храма РПСЦ во имя св. Иоанна Богослова иерей А.В. Панкратов — историк, преподаватель Духовного училища при Московской митрополии РПСЦ, читает спецкурс "История старообрядчества" для студентов — историков Новгородского университета и преподаёт его на философском факультете.

P.S. В храм мы не попали — был закрыт.