По одной из версий швивая горка (Таганский холм) своё название получила от языческого божества Швивы, капище которому стояло на месте храма Никиты Мученика.

Существующий каменный храм был построен в 1595 году. В 1684-1685 годах с северо-западной стороны к храму была пристроена шатровая колокольня.

В 1936 году храм был закрыт, церковные ворота и ограда — разрушены, а само здание от сноса спасло только вмешательство общественности. В середине 1950-х годов, с личного разрешения Никиты Хрущёва, за реставрацию храма взялся советский архитектор Лев Давид. В здании храма вплоть до 1990 года располагался склад студии «Диафильм».

В 1991 году храм Никиты Мученика был передан Русской Православной Церкви. В настоящее время идут реставрационные работы, которые закончатся в 2011 — 2013г.