Скит располагается на месте именуемом - Перунов холм. Название места связанно с культом языческого бога грома и молнии Перуна.
Во время крещения Новгорода капище Перуна было разрушено, а статуя Перуна сброшена в Волхов. А на этом месте построили церковь Рождества Богородицы, спера деревянную, а потом и каменную. Церковь венчает "крест накупольный с полумесяцем", типичный для домонгольского периода.
Близ церкви сохранились кирпичные здания, построенные в XIX веке для келий монахов-отшельников.
Перынский скит открыт для посещений. Здесь можно осмотреть территорию, увидеть Поклонный крест, зайти в церковь, помолиться и побеседовать с отцом Дмитрием. На фотографиях именно он.